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eva_dan

金虫 (小有名气)

[求助] 我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件,遇到困难,求助 万分感激!!! 已有1人参与

我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件,两者合成为一个pdb好说,但是两个合成为一个top文件遇到问题。
1.  小分子的top文件我已经有了,但是DNA的top不知道怎么获得,虽然VMD可以自动生成psf文件,但是我需要它的top文件,怎么办?
2. 因为这个DNA我是处理过,删除了一部分原子,但是在自动生成psf的时候,它会guesscoord,会自动补齐删掉的原子,但是我只希望它补上氢原子而不补上我删掉的部分,这个又该怎么处理?
   谢谢各位大神们,不胜感激额!!
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终身学习者
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-04-15 18:45:56
一般我们来写top文件可以有几种方法吧,第一个是直接在力场里找到参数然后自己编程来写,这个也是最精确的方法,第二个就用pdb2gmx来生成,如果说对应参数找不到就会比较麻烦,第三是用progdrg来生成,但是这种方法貌似没有涉及到具体的力场,所以可能结果不是很可信
gromacs
2楼2014-04-15 10:51:55
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412236287

金虫 (正式写手)

我最近也在做DNA的模拟,交流一下?
3楼2019-12-20 15:17:00
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4楼2020-01-02 15:42:53
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5楼2020-01-03 17:19:44
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6楼2020-01-06 15:18:14
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7楼2020-01-08 15:21:46
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