| 查看: 2255 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件，遇到困难，求助 万分感激！！！ 已有1人参与
|
|||
|
我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件，两者合成为一个pdb好说，但是两个合成为一个top文件遇到问题。 1. 小分子的top文件我已经有了，但是DNA的top不知道怎么获得，虽然VMD可以自动生成psf文件，但是我需要它的top文件，怎么办？ 2. 因为这个DNA我是处理过，删除了一部分原子，但是在自动生成psf的时候，它会guesscoord，会自动补齐删掉的原子，但是我只希望它补上氢原子而不补上我删掉的部分，这个又该怎么处理？ 谢谢各位大神们，不胜感激额！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
调剂推荐
已经有5人回复
-
中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培
已经有4人回复
-
总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂
已经有5人回复
-
0703化学338求调剂！
已经有3人回复
-
284求调剂
已经有7人回复
-
271求调剂
已经有6人回复
-
312求调剂
已经有9人回复
-
352求调剂
已经有4人回复
-
085602化学工程求调剂。
已经有3人回复
-
085600材料与化工306
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 小分子pdb格式用prodrg转化为top和gro格式求助
已经有4人回复
- 如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式
已经有4人回复
- 小分子的pdb文件怎么获得？
已经有6人回复
- 请问如何获取小分子的pdb文件
已经有13人回复
- gromacs无法生成gro文件
已经有5人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- 如何用MS的纳米管坐标转到gromacs可识别的文件
已经有7人回复
- AMBER使用antechamber 准备配体小分子出问题，求指导方法，谢谢
已经有9人回复
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
- pdb文件，top文件
已经有6人回复
- topol文件不识别小分子
已经有8人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
|
本帖内容被屏蔽 |
4楼2020-01-02 15:42:53
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2014-04-15 10:51:55
3楼2019-12-20 15:17:00
|
本帖内容被屏蔽 |
6楼2020-01-06 15:18:14
6