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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件，遇到困难，求助 万分感激！！！
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eva_dan

金虫 (小有名气)

[求助] 我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件，遇到困难，求助 万分感激！！！ 已有1人参与

我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件，两者合成为一个pdb好说，但是两个合成为一个top文件遇到问题。
1.  小分子的top文件我已经有了，但是DNA的top不知道怎么获得，虽然VMD可以自动生成psf文件，但是我需要它的top文件，怎么办？
2. 因为这个DNA我是处理过，删除了一部分原子，但是在自动生成psf的时候，它会guesscoord，会自动补齐删掉的原子，但是我只希望它补上氢原子而不补上我删掉的部分，这个又该怎么处理？
   谢谢各位大神们，不胜感激额！！
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终身学习者
1楼 2014-04-15 10:40:02
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pl939

禁虫
本帖内容被屏蔽
4楼2020-01-02 15:42:53
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-15 18:45:56
一般我们来写top文件可以有几种方法吧，第一个是直接在力场里找到参数然后自己编程来写，这个也是最精确的方法，第二个就用pdb2gmx来生成，如果说对应参数找不到就会比较麻烦，第三是用progdrg来生成，但是这种方法貌似没有涉及到具体的力场，所以可能结果不是很可信
赞一下(2人) 回复此楼
gromacs
2楼2014-04-15 10:51:55
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412236287

金虫 (正式写手)
我最近也在做DNA的模拟，交流一下？
赞一下 回复此楼
3楼2019-12-20 15:17:00
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pl924

禁虫
本帖内容被屏蔽
6楼2020-01-06 15:18:14
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