24小时热门版块排行榜    

查看: 2409  |  回复: 6

eva_dan

金虫 (小有名气)

[求助] 我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件,遇到困难,求助 万分感激!!! 已有1人参与

我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件,两者合成为一个pdb好说,但是两个合成为一个top文件遇到问题。
1.  小分子的top文件我已经有了,但是DNA的top不知道怎么获得,虽然VMD可以自动生成psf文件,但是我需要它的top文件,怎么办?
2. 因为这个DNA我是处理过,删除了一部分原子,但是在自动生成psf的时候,它会guesscoord,会自动补齐删掉的原子,但是我只希望它补上氢原子而不补上我删掉的部分,这个又该怎么处理?
   谢谢各位大神们,不胜感激额!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

终身学习者
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-04-15 18:45:56
一般我们来写top文件可以有几种方法吧,第一个是直接在力场里找到参数然后自己编程来写,这个也是最精确的方法,第二个就用pdb2gmx来生成,如果说对应参数找不到就会比较麻烦,第三是用progdrg来生成,但是这种方法貌似没有涉及到具体的力场,所以可能结果不是很可信
gromacs
2楼2014-04-15 10:51:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

412236287

金虫 (正式写手)

我最近也在做DNA的模拟,交流一下?
3楼2019-12-20 15:17:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
本帖内容被屏蔽

4楼2020-01-02 15:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
本帖内容被屏蔽

5楼2020-01-03 17:19:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
本帖内容被屏蔽

6楼2020-01-06 15:18:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
本帖内容被屏蔽

7楼2020-01-08 15:21:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 eva_dan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:25 by mibUvS8DDCwf
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:33 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:21 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 23:13 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:45 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:33 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:24 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:13 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:01 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:00 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:33 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:24 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-14 21:21 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神:2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀? +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
信息提示
请填处理意见