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我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件，遇到困难，求助 万分感激！！！ 已有1人参与
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我需要构建DNA和小分子作用的pdb以及top文件，两者合成为一个pdb好说，但是两个合成为一个top文件遇到问题。 1. 小分子的top文件我已经有了，但是DNA的top不知道怎么获得，虽然VMD可以自动生成psf文件，但是我需要它的top文件，怎么办？ 2. 因为这个DNA我是处理过，删除了一部分原子，但是在自动生成psf的时候，它会guesscoord，会自动补齐删掉的原子，但是我只希望它补上氢原子而不补上我删掉的部分，这个又该怎么处理？ 谢谢各位大神们，不胜感激额！！ |
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fangsteel
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