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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock三体对接
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keke_1210

木虫 (小有名气)

[求助] Autodock三体对接

我现在做的是蛋白酶抑制剂的动力学模拟研究。抑制剂与该酶的辅酶因子竞争性结合该酶。现在已经做了抑制剂与该酶的分子动力学模拟，知道其机理，想进一步确定下辅酶因子的非竞争性结合的作用能，与抑制剂进行比较。
想将辅酶因子对接到抑制剂与该酶的复合物，然后进行一段时间的MD，这个是做半柔性对接好呢，还是刚性对接好呢？半柔性对接的话需要限制哪些键或残基不旋转？这个半柔性对接对于辅酶因子不知道符不符合生物上的机理？
现在用的对接软件是AUTODOCK4.0，有没有更好地建议？
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你好吗
1楼 2014-04-14 11:15:07
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
可以用vina呢，Autodock的姐妹版，也是免费的~~
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3楼2016-01-29 14:56:52
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keke_1210

木虫 (小有名气)
有什么其他观点的，相互交流下
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你好吗
2楼2014-04-14 17:15:09
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keke_1210

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 老曼7 at 2016-01-29 14:56:52
可以用vina呢，Autodock的姐妹版，也是免费的~~

嗯，vina更准确一点吗

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你好吗
4楼2016-01-29 15:35:35
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by keke_1210 at 2016-01-29 15:35:35
嗯，vina更准确一点吗
...

这个似乎没有一个比较准确的说法，都是免费的，我觉得你可以自己拿自己的几个体系测试一下，哪个好一点就用哪个咯

发自小木虫Android客户端
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5楼2016-01-29 19:24:19
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