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keke_1210

木虫 (小有名气)

[求助] Autodock三体对接

我现在做的是蛋白酶抑制剂的动力学模拟研究。抑制剂与该酶的辅酶因子竞争性结合该酶。现在已经做了抑制剂与该酶的分子动力学模拟,知道其机理,想进一步确定下辅酶因子的非竞争性结合的作用能,与抑制剂进行比较。
想将辅酶因子对接到抑制剂与该酶的复合物,然后进行一段时间的MD,这个是做半柔性对接好呢,还是刚性对接好呢?半柔性对接的话需要限制哪些键或残基不旋转?这个半柔性对接对于辅酶因子不知道符不符合生物上的机理?
现在用的对接软件是AUTODOCK4.0,有没有更好地建议?
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你好吗
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keke_1210

木虫 (小有名气)

有什么其他观点的,相互交流下
你好吗
2楼2014-04-14 17:15:09
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

可以用vina呢,Autodock的姐妹版,也是免费的~~
3楼2016-01-29 14:56:52
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keke_1210

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 老曼7 at 2016-01-29 14:56:52
可以用vina呢,Autodock的姐妹版,也是免费的~~

嗯,vina更准确一点吗

发自小木虫IOS客户端
你好吗
4楼2016-01-29 15:35:35
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by keke_1210 at 2016-01-29 15:35:35
嗯,vina更准确一点吗
...

这个似乎没有一个比较准确的说法,都是免费的,我觉得你可以自己拿自己的几个体系测试一下,哪个好一点就用哪个咯

发自小木虫Android客户端
5楼2016-01-29 19:24:19
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