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keke_1210

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[求助] Autodock三体对接

我现在做的是蛋白酶抑制剂的动力学模拟研究。抑制剂与该酶的辅酶因子竞争性结合该酶。现在已经做了抑制剂与该酶的分子动力学模拟，知道其机理，想进一步确定下辅酶因子的非竞争性结合的作用能，与抑制剂进行比较。
想将辅酶因子对接到抑制剂与该酶的复合物，然后进行一段时间的MD，这个是做半柔性对接好呢，还是刚性对接好呢？半柔性对接的话需要限制哪些键或残基不旋转？这个半柔性对接对于辅酶因子不知道符不符合生物上的机理？
现在用的对接软件是AUTODOCK4.0，有没有更好地建议？

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你好吗

1楼 2014-04-14 11:15:07

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keke_1210

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有什么其他观点的，相互交流下

你好吗

2楼2014-04-14 17:15:09

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老曼7

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可以用vina呢，Autodock的姐妹版，也是免费的~~

3楼2016-01-29 14:56:52

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 老曼7 at 2016-01-29 14:56:52
可以用vina呢，Autodock的姐妹版，也是免费的~~

嗯，vina更准确一点吗

发自小木虫IOS客户端

你好吗

4楼2016-01-29 15:35:35

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引用回帖:

4楼: Originally posted by keke_1210 at 2016-01-29 15:35:35
嗯，vina更准确一点吗
...

这个似乎没有一个比较准确的说法，都是免费的，我觉得你可以自己拿自己的几个体系测试一下，哪个好一点就用哪个咯

发自小木虫Android客户端

5楼2016-01-29 19:24:19

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