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keke_1210木虫 (小有名气)
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[求助]
Autodock三体对接
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我现在做的是蛋白酶抑制剂的动力学模拟研究。抑制剂与该酶的辅酶因子竞争性结合该酶。现在已经做了抑制剂与该酶的分子动力学模拟，知道其机理，想进一步确定下辅酶因子的非竞争性结合的作用能，与抑制剂进行比较。 想将辅酶因子对接到抑制剂与该酶的复合物，然后进行一段时间的MD，这个是做半柔性对接好呢，还是刚性对接好呢？半柔性对接的话需要限制哪些键或残基不旋转？这个半柔性对接对于辅酶因子不知道符不符合生物上的机理？ 现在用的对接软件是AUTODOCK4.0，有没有更好地建议？ |
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