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坏孩子、

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[求助] 内参基因筛选的问题已有1人参与

本人做的是一种药用真菌内参基因的筛选试验，该真菌只有菌丝和菌核两种形态，从菌丝接种到栽培料开始差不多110天能形成菌核。
现在看别人论文的试验设计，都是取不同组织或不同生长时期或不同的胁迫处理等等，然后取样测表达量，但是我的这个真菌内参基因筛选目前只定下来取不同时期的样品。而我的不同组织的话就只有菌丝和菌核。我后期的试验只要知道不同时期表达稳定的内参基因就可以满足了。
我想问的是别人的不同胁迫处理（比如低温，或高温）的依据是什么？和他们的后期试验有关系吗？
求大神指点，金币有限，全部奉上

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1楼2014-04-12 19:46:25

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biostar2009

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【答案】应助回帖

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坏孩子、: 金币+1, ★有帮助 2014-04-12 21:39:15
坏孩子、(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-04-14 08:23:41

不是搞真菌的，直说内参基因的事情
内参基因从设定开始到现在，其实都是一个有些争议的问题
因为生命科学发展到现在，仍然基本上没有实现量化，没有一个绝对量的概念，所以比较表达量，必须依赖于一个恒定的基因。这一点，类似于化学早期对元素原子量的规定，大家都跟12C比，不然不可能统一。但是生命科学还远没有到这个水平，我们的”内参“，仅仅只是起到了归一化的作用，远远不能实现量化的统一。
但是恒定的基因几乎是不存在的，人们选择的一些常用的内参基因，基本理论是这些基因从转录到mRNA到蛋白，一路上没有太大的调控，他们就这样稳定的表达着。于是找到了一些结构性的基因，比如actin，tubulin，GAPDH，U6，5S rRNA，histone etc
其实这些基因仍然会变，在不同的背景下，或者不同的条件下，这些基因都会变化。

二代测序的出现为RNA量化，提供了一个新的视野。
比如做了RNA-seq，有的基因测得多，有的基因测得少，如何归一化？
不用归一化！
因为RNA-seq建库是不依赖于序列的克隆过程，可以认为这个过程对待所有的RNA都是平等的，最终测到多的，就可以认为表达量高，测得少的，就是表达量低。
然后人们再反过来看那些曾经选定的内参基因。
在RNA-seq数据中，经常就在变，根本不”恒定“。

所以我觉得在目前的大环境下，你再去选择一个新系统的内参基因，不妨做一次RNA-seq，在你选择的环境/因素/背景下，找那些变化不大的基因，再在这些基因中挑选相对比较”恒定“的基因。从高通量的角度出发，你会有更大的收货。

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2楼2014-04-12 21:31:51

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坏孩子、

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引用回帖:

2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-12 21:31:51
不是搞真菌的，直说内参基因的事情
内参基因从设定开始到现在，其实都是一个有些争议的问题
因为生命科学发展到现在，仍然基本上没有实现量化，没有一个绝对量的概念，所以比较表达量，必须依赖于一个恒定的基因。 ...

谢谢你的回答，但是目前资金短缺，我还是在内参这里考虑吧

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3楼2014-04-13 08:28:22

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