应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 从基因文库中筛选到目的基因后的分析
111/2返回列表12下一页
查看: 1956  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hraikeyan

金虫 (小有名气)

[求助] 从基因文库中筛选到目的基因后的分析

各位虫友：本人前段时间从构建好的基因文库中通过功能筛选，筛选到了一株阳性克隆。接着对 测序结果在NCBI中比对，没有能和测出的结果比对上的。因此不知道这段序列编码的是什么酶。
接着把测出的序列用Vector NTI进行ORF分析，如果 将正向测序结果输入（以M13+向开始）显示整个序列被分成很多个ORF,并且最大ORF也只不过500bp，我想这应该不足以编码我的目标蛋白（酰胺酶，实验室克隆出的相同功能的酰胺酶700多bp）；如果将反向的测序结果输入（以M13-向开始）显示大致可以分俩个阅读框，一个1600bp左右，一个有700bp左右。
对于这样的结果我不知道该怎么分析，怎么设计引物克隆出目标编码基因？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
nothing isimpossible
1楼 2013-03-03 22:26:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
自己顶一下……
回复此楼
nothing isimpossible
2楼2013-03-04 11:05:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
3楼2013-03-04 11:06:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqxs

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天 2013-04-17 09:57:41
先把1600和700的两段分别在大肠杆菌里表达呗，有表型就行，不行的话在把正向的ORF分成两部分在大肠里表达，逐渐减小筛选范围。我想没有捷径。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-04 17:47:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dmzha

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hraikeyan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-06 09:05:19
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，鼓励应助，分子生物版块期待你的更多精彩。 2013-04-17 09:57:53
你都知道序列怎么会克隆不出目标编码基因呢？在分析的ORF（个人认为应该是反向测序结果）两端设计引物就行了，然后在大肠杆菌中表达，得到的可溶性蛋白再进行酶学性质鉴定。如果在NCBI中没有比对上，估计是新基因的可能性比较大。PS：就算是新基因，在NCBI数据库中多少还是有同源性不是很高的基因存在。
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-04 21:34:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dmzha at 2013-03-04 21:34:07
你都知道序列怎么会克隆不出目标编码基因呢？在分析的ORF（个人认为应该是反向测序结果）两端设计引物就行了，然后在大肠杆菌中表达，得到的可溶性蛋白再进行酶学性质鉴定。如果在NCBI中没有比对上，估计是新基因的 ...

您好，您的意思是我应该按照反向的测序结果设计引物，就是把M13-附近的设计成上游引物，把另一端设计为下游引物。
赞一下 回复此楼
nothing isimpossible
6楼2013-03-06 09:05:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dmzha

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hraikeyan at 2013-03-06 09:05:08
您好，您的意思是我应该按照反向的测序结果设计引物，就是把M13-附近的设计成上游引物，把另一端设计为下游引物。...

根据反向序列，在ORF两端设计引物。
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-07 10:40:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duyang1217

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hraikeyan: 金币+5, ★有帮助 2013-04-17 10:54:18
请问你这两个阅读框是同一相位的吗？如果是同一相位的，更能确定是大的；如果不是一个相位，我的经验一般选择大的，当然需要实验验证。
赞一下 回复此楼
用心 耐心 细心的做科研
8楼2013-04-17 09:32:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by duyang1217 at 2013-04-17 09:32:07
请问你这两个阅读框是同一相位的吗？如果是同一相位的，更能确定是大的；如果不是一个相位，我的经验一般选择大的，当然需要实验验证。

请问什么是同一相位，是指在同一位置吗？大的阅读框里包含小的阅读框？
赞一下 回复此楼
nothing isimpossible
9楼2013-04-17 11:01:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duyang1217

铁虫 (小有名气)
比如atgcgggg，从a开始翻译就是-1相位，从t开始就是+2相位，从第一个g开始就是+3相位；还有从反向翻译的三个相位，如果你是同一个相位翻译出现了两个阅读框，我一般选择最大的，但是想看是不是完整的CDS一般mRNA尽量完整，其实具体分析时还有些可参考的信息。
赞一下 回复此楼
用心 耐心 细心的做科研
10楼2013-04-17 14:07:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hraikeyan 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[基金申请] 面上和青基一样限30页不合理 +5 wowsunflower 2026-03-10 7/350 2026-03-14 17:21 by kingkocxr
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工材料求调剂（有希望2吗？） +3 mysdl 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:53 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-09 4/200 2026-03-14 02:06 by tranquil_ya
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考研] 一志愿河海大学085900土木水利专硕279求调剂不挑专业 +4 SunWwWwWw 2026-03-10 8/400 2026-03-13 02:23 by SunWwWwWw
[考研] 研究生招生 +3 徐海涛11 2026-03-10 7/350 2026-03-12 14:26 by 徐海涛11
[考研] 327分求调剂086 +4 西红柿?小帅 2026-03-09 7/350 2026-03-10 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 数二英二309分请求调剂 +3 dtdxzxx 2026-03-09 4/200 2026-03-09 19:56 by yuningshan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭