应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 从基因文库中筛选到目的基因后的分析
111/2返回列表12下一页
查看: 2627  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hraikeyan

金虫 (小有名气)

[求助] 从基因文库中筛选到目的基因后的分析

各位虫友：本人前段时间从构建好的基因文库中通过功能筛选，筛选到了一株阳性克隆。接着对 测序结果在NCBI中比对，没有能和测出的结果比对上的。因此不知道这段序列编码的是什么酶。
接着把测出的序列用Vector NTI进行ORF分析，如果 将正向测序结果输入（以M13+向开始）显示整个序列被分成很多个ORF,并且最大ORF也只不过500bp，我想这应该不足以编码我的目标蛋白（酰胺酶，实验室克隆出的相同功能的酰胺酶700多bp）；如果将反向的测序结果输入（以M13-向开始）显示大致可以分俩个阅读框，一个1600bp左右，一个有700bp左右。
对于这样的结果我不知道该怎么分析，怎么设计引物克隆出目标编码基因？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
nothing isimpossible
1楼 2013-03-03 22:26:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
自己顶一下……
回复此楼
nothing isimpossible
2楼2013-03-04 11:05:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
3楼2013-03-04 11:06:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qqxs

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天 2013-04-17 09:57:41
先把1600和700的两段分别在大肠杆菌里表达呗，有表型就行，不行的话在把正向的ORF分成两部分在大肠里表达，逐渐减小筛选范围。我想没有捷径。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-04 17:47:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dmzha

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hraikeyan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-06 09:05:19
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，鼓励应助，分子生物版块期待你的更多精彩。 2013-04-17 09:57:53
你都知道序列怎么会克隆不出目标编码基因呢？在分析的ORF（个人认为应该是反向测序结果）两端设计引物就行了，然后在大肠杆菌中表达，得到的可溶性蛋白再进行酶学性质鉴定。如果在NCBI中没有比对上，估计是新基因的可能性比较大。PS：就算是新基因，在NCBI数据库中多少还是有同源性不是很高的基因存在。
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-04 21:34:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dmzha at 2013-03-04 21:34:07
你都知道序列怎么会克隆不出目标编码基因呢？在分析的ORF（个人认为应该是反向测序结果）两端设计引物就行了，然后在大肠杆菌中表达，得到的可溶性蛋白再进行酶学性质鉴定。如果在NCBI中没有比对上，估计是新基因的 ...

您好，您的意思是我应该按照反向的测序结果设计引物，就是把M13-附近的设计成上游引物，把另一端设计为下游引物。
赞一下 回复此楼
nothing isimpossible
6楼2013-03-06 09:05:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dmzha

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hraikeyan at 2013-03-06 09:05:08
您好，您的意思是我应该按照反向的测序结果设计引物，就是把M13-附近的设计成上游引物，把另一端设计为下游引物。...

根据反向序列，在ORF两端设计引物。
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-07 10:40:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duyang1217

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hraikeyan: 金币+5, ★有帮助 2013-04-17 10:54:18
请问你这两个阅读框是同一相位的吗？如果是同一相位的，更能确定是大的；如果不是一个相位，我的经验一般选择大的，当然需要实验验证。
赞一下 回复此楼
用心 耐心 细心的做科研
8楼2013-04-17 09:32:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hraikeyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by duyang1217 at 2013-04-17 09:32:07
请问你这两个阅读框是同一相位的吗？如果是同一相位的，更能确定是大的；如果不是一个相位，我的经验一般选择大的，当然需要实验验证。

请问什么是同一相位，是指在同一位置吗？大的阅读框里包含小的阅读框？
赞一下 回复此楼
nothing isimpossible
9楼2013-04-17 11:01:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duyang1217

铁虫 (小有名气)
比如atgcgggg，从a开始翻译就是-1相位，从t开始就是+2相位，从第一个g开始就是+3相位；还有从反向翻译的三个相位，如果你是同一个相位翻译出现了两个阅读框，我一般选择最大的，但是想看是不是完整的CDS一般mRNA尽量完整，其实具体分析时还有些可参考的信息。
赞一下 回复此楼
用心 耐心 细心的做科研
10楼2013-04-17 14:07:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hraikeyan 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 3/150 2026-11-10 01:40 by FChKX8meu1ds
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭