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sunwho

金虫 (小有名气)

[求助] 如何对一堆基因进行分类分析

手头有几百个基因名,通过什么方法能快速对这些基因进行分类?比方说转录因子,膜受体,离子通道等 。忘各位大神指教!

[ Last edited by sunwho on 2013-5-8 at 23:03 ]
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sunwho

金虫 (小有名气)

someone help me....
2楼2013-05-08 23:05:16
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3楼2013-05-11 20:48:05
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somebodykiss

捐助贵宾 (小有名气)


wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-05-12 09:33:46
作为一个外行,我的理解是:如果基因名字带有一定规律性的话,譬如,某基因名为ABC123abc

ABC的字符串表示转录因子; 123表示膜受体; abc表示离子通道。

而每个字段都有一个范围或者模式,那么可以通过写一段小程序(结合正则表达式或类似的字符串模式匹配的方法),来对类似与ABC123abc这样的基因名进行匹配,从而对基因进行分类。
4楼2013-05-12 08:00:24
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匿名

用户注销 (初入文坛)

本帖仅楼主可见
5楼2013-05-12 09:30:56
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

用bioperl等对所有基因名进行搜索,得到相应的NCBI Entrez的数据,看里面的注释。如果你要标准的术语,可以看GO (Gene ontology)
6楼2013-05-12 09:33:23
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cute_man

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个是生物信息学的范畴了,因为设计到一堆基因数据,估计要写脚本了。
7楼2013-05-12 11:21:12
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