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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何对一堆基因进行分类分析
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sunwho

金虫 (小有名气)

[求助] 如何对一堆基因进行分类分析

手头有几百个基因名，通过什么方法能快速对这些基因进行分类？比方说转录因子，膜受体，离子通道等 。忘各位大神指教！

[ Last edited by sunwho on 2013-5-8 at 23:03 ]
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1楼 2013-05-07 22:04:26
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sunwho

金虫 (小有名气)
someone help me....
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2楼2013-05-08 23:05:16
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天278141817
3楼2013-05-11 20:48:05
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somebodykiss

捐助贵宾 (小有名气)
★
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-05-12 09:33:46
作为一个外行，我的理解是：如果基因名字带有一定规律性的话，譬如，某基因名为ABC123abc

ABC的字符串表示转录因子; 123表示膜受体； abc表示离子通道。

而每个字段都有一个范围或者模式，那么可以通过写一段小程序（结合正则表达式或类似的字符串模式匹配的方法），来对类似与ABC123abc这样的基因名进行匹配，从而对基因进行分类。
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4楼2013-05-12 08:00:24
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匿名

用户注销 (初入文坛)
本帖仅楼主可见
5楼2013-05-12 09:30:56
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

用bioperl等对所有基因名进行搜索，得到相应的NCBI Entrez的数据，看里面的注释。如果你要标准的术语，可以看GO （Gene ontology)
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6楼2013-05-12 09:33:23
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cute_man

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个是生物信息学的范畴了，因为设计到一堆基因数据，估计要写脚本了。
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7楼2013-05-12 11:21:12
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