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如何对一堆基因进行分类分析
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如何对一堆基因进行分类分析
手头有几百个基因名,通过什么方法能快速对这些基因进行分类?比方说转录因子,膜受体,离子通道等 。忘各位大神指教!
[
Last edited by sunwho on 2013-5-8 at 23:03
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2013-05-12 09:33:46
作为一个外行,我的理解是:如果基因名字带有一定规律性的话,譬如,某基因名为ABC123abc
ABC的字符串表示转录因子; 123表示膜受体; abc表示离子通道。
而每个字段都有一个范围或者模式,那么可以通过写一段小程序(结合正则表达式或类似的字符串模式匹配的方法),来对类似与ABC123abc这样的基因名进行匹配,从而对基因进行分类。
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2013-05-12 08:00:24
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【答案】应助回帖
用bioperl等对所有基因名进行搜索,得到相应的NCBI Entrez的数据,看里面的注释。如果你要标准的术语,可以看GO (Gene ontology)
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6楼
2013-05-12 09:33:23
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【答案】应助回帖
这个是生物信息学的范畴了,因为设计到一堆基因数据,估计要写脚本了。
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7楼
2013-05-12 11:21:12
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