| 查看: 1653 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
autodockytu
|
[求助]
Autodock 中 小分子处理后出现断裂情况 已有2人参与
|
|
|
将小分子加氢、计算电荷处理后，保存成pdbqt文件后，小分子出现断裂 如图：请高手指点  无标题.png |
回复此楼» 猜你喜欢
复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程
已经有4人回复
-
一志愿太原理工安全工程300分，求调剂
已经有3人回复
-
284求调剂
已经有11人回复
-
食品工程专硕求调剂
已经有3人回复
-
324求调剂
已经有7人回复
-
一志愿武汉理工，总分321，英一数二，求老师收留。
已经有4人回复
-
287求调剂
已经有7人回复
-
325求调剂
已经有5人回复
-
343求调剂
已经有4人回复
-
求调剂推荐 材料 304
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Autodock对接构象准确性的评价——RMSD
已经有10人回复
- AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能
已经有7人回复
- 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题
已经有7人回复
- AutoDock大分子问题
已经有11人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- Autodock中受体的准备
已经有14人回复
- autodock的安装
已经有10人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- Autodock在Ubuntu下的安装问题
已经有7人回复
- Autodock的操作流程---win下
已经有565人回复
- Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
已经有18人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【讨论】弱弱的问一句，为什么ubuntu不适合做autodock的操作系统
已经有13人回复
- 【求助】autodock4 安装问题
已经有9人回复
- 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？
已经有9人回复
- 【其他】autodock 保存文件
已经有14人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
大鸟123
新虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7773.1
- 散金: 553
- 红花: 1
- 帖子: 1454
- 在线: 118.2小时
- 虫号: 3299919
- 注册: 2014-06-30
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
4楼2017-10-25 12:59:07
lamda
木虫 (著名写手)
笨鸟先飞
- 模拟EPI: 1
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 6824.4
- 散金: 400
- 红花: 1
- 帖子: 1254
- 在线: 182.9小时
- 虫号: 416479
- 注册: 2007-06-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-02-14 17:33:03
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢耐心指导 2014-02-16 07:51:55
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢耐心指导 2014-02-16 07:51:55
|
断裂是不可能的，最可能的是你的结构没有准备好。 出现的原因是：AutoDock输出的是pdbqt，这个文件里没有原子之间的键的信息。换句话来说，pdbqt是PDB的改版，“键”是通过原子之间的距离来定义，你的软件读入这个文件后，认为那个蓝色的原子与周围原子之间的距离大于成键的距离，所以就没有键出现，不是断裂了。 如果避免：对接计算前对分子结构进行minimization操作，确保分子的键长与键角处于标准状态，这样任何软件都不会出现“没有键”的情况。目前的分子对接软件在对接计算的时候，是不会改变键长与键角的，所以初始的键长键角决定了结果的键长与键角。同时，因为不正确的键长、键角会给出错误的分子能量，并致使不正确的打分。 所以，建议楼主仔细准备你的化合物结构。 |
3楼2014-02-16 01:02:15
