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autodockytu
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Autodock 中 小分子处理后出现断裂情况 已有2人参与
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将小分子加氢、计算电荷处理后，保存成pdbqt文件后，小分子出现断裂 如图：请高手指点  无标题.png |
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大鸟123
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4楼2017-10-25 12:59:07
lamda
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2楼2014-02-14 17:33:03
【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+3, 感谢耐心指导 2014-02-16 07:51:55
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断裂是不可能的，最可能的是你的结构没有准备好。 出现的原因是：AutoDock输出的是pdbqt，这个文件里没有原子之间的键的信息。换句话来说，pdbqt是PDB的改版，“键”是通过原子之间的距离来定义，你的软件读入这个文件后，认为那个蓝色的原子与周围原子之间的距离大于成键的距离，所以就没有键出现，不是断裂了。 如果避免：对接计算前对分子结构进行minimization操作，确保分子的键长与键角处于标准状态，这样任何软件都不会出现“没有键”的情况。目前的分子对接软件在对接计算的时候，是不会改变键长与键角的，所以初始的键长键角决定了结果的键长与键角。同时，因为不正确的键长、键角会给出错误的分子能量，并致使不正确的打分。 所以，建议楼主仔细准备你的化合物结构。 |
3楼2014-02-16 01:02:15
100