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autodockytu

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[求助] Autodock 中小分子处理后出现断裂情况已有2人参与

将小分子加氢、计算电荷处理后，保存成pdbqt文件后，小分子出现断裂
如图：请高手指点

无标题.png

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1楼 2014-02-13 07:58:00

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lamda

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笨鸟先飞

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
autodockytu: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-02-14 20:31:55
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-02-15 08:58:12

断键常见于直接使用晶体结构而未优化的小分子。
遇到这种情况，可以在加完氢后用sybyl或者chem3d优化一下，保存成mol2格式。
然后再用adt去将优化后的文件转成pdbqt即可。

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低调

2楼2014-02-14 17:33:03

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ligscore

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【答案】应助回帖

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月只蓝: 金币+3, 感谢耐心指导 2014-02-16 07:51:55

断裂是不可能的，最可能的是你的结构没有准备好。
出现的原因是：AutoDock输出的是pdbqt，这个文件里没有原子之间的键的信息。换句话来说，pdbqt是PDB的改版，“键”是通过原子之间的距离来定义，你的软件读入这个文件后，认为那个蓝色的原子与周围原子之间的距离大于成键的距离，所以就没有键出现，不是断裂了。

如果避免：对接计算前对分子结构进行minimization操作，确保分子的键长与键角处于标准状态，这样任何软件都不会出现“没有键”的情况。目前的分子对接软件在对接计算的时候，是不会改变键长与键角的，所以初始的键长键角决定了结果的键长与键角。同时，因为不正确的键长、键角会给出错误的分子能量，并致使不正确的打分。

所以，建议楼主仔细准备你的化合物结构。

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3楼2014-02-16 01:02:15

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