24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

应助: 46 (小学生)
金币: 163.8
散金: 1021
红花: 5
帖子: 201
在线: 39.1小时
虫号: 1792292
注册: 2012-05-03
性别: GG
专业: 兽医学

[求助] Autodock 中小分子处理后出现断裂情况已有2人参与

将小分子加氢、计算电荷处理后，保存成pdbqt文件后，小分子出现断裂
如图：请高手指点

无标题.png

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

Autodock对接构象准确性的评价——RMSD 已经有10人回复
AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能已经有7人回复
请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题已经有7人回复
AutoDock大分子问题已经有11人回复
用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质已经有14人回复
autodock对接时蛋白的处理问题已经有6人回复
Autodock中受体的准备已经有14人回复
autodock的安装已经有10人回复
用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体已经有6人回复
Autodock在Ubuntu下的安装问题已经有7人回复
Autodock的操作流程---win下已经有565人回复
Autodock时 gridbox的参数怎么设置?? 已经有18人回复
用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题已经有6人回复
【讨论】弱弱的问一句，为什么ubuntu不适合做autodock的操作系统已经有13人回复
【求助】autodock4 安装问题已经有9人回复
【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？已经有9人回复
【其他】autodock 保存文件已经有14人回复
【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢已经有12人回复
【求助】关于Autodock中Grid中的问题已经有9人回复
【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发已经有32人回复

1楼 2014-02-13 07:58:00

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ligscore

捐助贵宾 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 222
帖子: 6
在线: 2.2小时
虫号: 2958109
注册: 2014-02-07

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢耐心指导 2014-02-16 07:51:55

断裂是不可能的，最可能的是你的结构没有准备好。
出现的原因是：AutoDock输出的是pdbqt，这个文件里没有原子之间的键的信息。换句话来说，pdbqt是PDB的改版，“键”是通过原子之间的距离来定义，你的软件读入这个文件后，认为那个蓝色的原子与周围原子之间的距离大于成键的距离，所以就没有键出现，不是断裂了。

如果避免：对接计算前对分子结构进行minimization操作，确保分子的键长与键角处于标准状态，这样任何软件都不会出现“没有键”的情况。目前的分子对接软件在对接计算的时候，是不会改变键长与键角的，所以初始的键长键角决定了结果的键长与键角。同时，因为不正确的键长、键角会给出错误的分子能量，并致使不正确的打分。

所以，建议楼主仔细准备你的化合物结构。