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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 紧！急！如何确定目的片段的长度
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594251740

新虫 (初入文坛)

[求助] 紧！急！如何确定目的片段的长度 已有2人参与

正在做本科毕业论文。做一种植物开花相关基因的克隆。目前根据不同物种的同源基因设计了兼并引物。
遇到的难题是，怎么确定我要扩的基因的片段长度。以设PCR条件。第一次做没人带。也请各位专家同行普及下相关知识，扫下盲。
不甚感激。Thx!
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1楼 2014-02-11 15:25:39
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1043002105

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先进入NCBI ，再打开BLAST,接着打开Align,最后输入上下游引物，即得结果
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走自己的路让别人去说吧
5楼2014-02-12 15:45:51
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
594251740(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2014-02-12 13:44:34
根据你参考的物种中DNA大小就可以，差异不会很大。你可以多设计几对引物扩一下，再一个摸摸条件。
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hehe
2楼2014-02-11 15:57:38
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594251740

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-02-11 15:57:38
根据你参考的物种中DNA大小就可以，差异不会很大。你可以多设计几对引物扩一下，再一个摸摸条件。

可以通过NCBI来看参考物种基因长度吧？具体步骤大概是怎样呢？
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3楼2014-02-11 16:07:18
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
594251740(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-02-12 13:44:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by 594251740 at 2014-02-11 16:07:18
可以通过NCBI来看参考物种基因长度吧？具体步骤大概是怎样呢？...

你是用的EST序列想找gDNA序列对吧。根据你所获得的序列利用NCBI中的Blast，选择你的物种信息进行Blast，找到同源序列较高的gDNA序列（会成几分段），下载下来根据你所需要的序列范围，就可以判断片段大小。
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hehe
4楼2014-02-11 18:01:59
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