24小时热门版块排行榜    

查看: 2555  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠

[求助] 测序结果与NCBI有差别,求解释! 已有2人参与

测序结果与NCBI有差别,求解释!

我现在P的是RNA的CDS序列,我引物设计正好是全长CDS,过程是先提RNA再反转cDNA,以cDNA为模板进行PCR,P出来后,胶回收,19T连接,转染,测序。
现在的问题是:NCBI上这段CDS序列长度为2019bp,可是测序结果却是2116BP,多了将近100bp,两端我也进行了Blast比对,结果相似度99%。我现在不知道这是为什么?
我直接让测序公司拼接的,多的序列在测序结果的93-183,另外在其他部位还有多1-2个碱基的现象,只有几处,但是93-183这段不知道是什么?
求高人解释

[ Last edited by 小木虫刘树青 on 2014-1-27 at 19:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

世界上只有一种真正的英雄主义,那就是看清生活的真相之后,依然热爱生活。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠

引用回帖:
6楼: Originally posted by 137167741 at 2014-01-28 12:41:34
当存在可变剪接的时候,所谓的内含子就不再是内含子了。什么是可变剪接,你可以查一下看看。...

你好!我现在研究的这个基因,是转录因子,在NCBI里mRNA and Protein有17种变型(transcript variant),我设计引物是只用的其中一个的mRNA的CDS序列设计的。我刚才有比对了全部的17个,有几个测序序列的93-183是可以对应上的。
世界上只有一种真正的英雄主义,那就是看清生活的真相之后,依然热爱生活。
7楼2014-01-28 12:43:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小木虫刘树青: 金币+2 2014-01-28 16:26:46
youlinglyw: 金币+2 2014-07-19 09:20:57
可能是蛋白的isoform,很正常。可以比下蛋白序列
2楼2014-01-28 03:22:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠


137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2014-01-28 11:29:33
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-01-28 03:22:54
可能是蛋白的isoform,很正常。可以比下蛋白序列

蛋白的isoform是?请问怎么比对蛋白质序列啊?我用premer5里面核酸序列转换成蛋白质氨基酸的功能,比对后与NCbi上的CDS核酸序列翻译的蛋白质氨基酸只有30%相似,我是不是比错了,我是不是只用相似的核酸序列比对啊,也就是93-183以外的那些核酸序列翻译成的蛋白氨基酸与NCBI上的CDS翻译的蛋白质氨基酸比对啊?
我挑了8个,做了菌液PCR,只有三个P出目的条带,所以测序的是三个,这三个都是一样的,我直接让测序公司拼接的,多的序列在测序结果的93-183,另外在其他部位还有多1-2个碱基的现象,只有几处,但是93-183这段不知道是什么?
世界上只有一种真正的英雄主义,那就是看清生活的真相之后,依然热爱生活。
3楼2014-01-28 09:49:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小木虫刘树青: 金币+3, 有帮助 2014-01-28 16:26:32
youlinglyw: 金币+2 2014-07-19 09:21:14
看一下是否是第一内含子序列,也就是确认一下该基因是否存在可变剪接的可能。
总有一天我要修改用户名。
4楼2014-01-28 11:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-30 22:24 by xiangy672
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:30 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:21 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 3/150 2026-08-30 20:19 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AVl0JAsg9hyo 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:57 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:37 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:34 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 18:53 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:36 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 面上意见出来了 +9 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 18/900 2026-08-30 16:47 by 黄鸟于飞Chao
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:03 by l0VvVHGBGRLv
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 11:51 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 06:57 by ZPa0EcMwuECS
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
请填处理意见