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小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠

[求助] 测序结果与NCBI有差别,求解释! 已有2人参与

测序结果与NCBI有差别,求解释!

我现在P的是RNA的CDS序列,我引物设计正好是全长CDS,过程是先提RNA再反转cDNA,以cDNA为模板进行PCR,P出来后,胶回收,19T连接,转染,测序。
现在的问题是:NCBI上这段CDS序列长度为2019bp,可是测序结果却是2116BP,多了将近100bp,两端我也进行了Blast比对,结果相似度99%。我现在不知道这是为什么?
我直接让测序公司拼接的,多的序列在测序结果的93-183,另外在其他部位还有多1-2个碱基的现象,只有几处,但是93-183这段不知道是什么?
求高人解释

[ Last edited by 小木虫刘树青 on 2014-1-27 at 19:58 ]
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世界上只有一种真正的英雄主义,那就是看清生活的真相之后,依然热爱生活。
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小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠

引用回帖:
6楼: Originally posted by 137167741 at 2014-01-28 12:41:34
当存在可变剪接的时候,所谓的内含子就不再是内含子了。什么是可变剪接,你可以查一下看看。...

你好!我现在研究的这个基因,是转录因子,在NCBI里mRNA and Protein有17种变型(transcript variant),我设计引物是只用的其中一个的mRNA的CDS序列设计的。我刚才有比对了全部的17个,有几个测序序列的93-183是可以对应上的。
世界上只有一种真正的英雄主义,那就是看清生活的真相之后,依然热爱生活。
7楼2014-01-28 12:43:45
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小木虫刘树青: 金币+2 2014-01-28 16:26:46
youlinglyw: 金币+2 2014-07-19 09:20:57
可能是蛋白的isoform,很正常。可以比下蛋白序列
2楼2014-01-28 03:22:54
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小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2014-01-28 11:29:33
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-01-28 03:22:54
可能是蛋白的isoform,很正常。可以比下蛋白序列

蛋白的isoform是?请问怎么比对蛋白质序列啊?我用premer5里面核酸序列转换成蛋白质氨基酸的功能,比对后与NCbi上的CDS核酸序列翻译的蛋白质氨基酸只有30%相似,我是不是比错了,我是不是只用相似的核酸序列比对啊,也就是93-183以外的那些核酸序列翻译成的蛋白氨基酸与NCBI上的CDS翻译的蛋白质氨基酸比对啊?
我挑了8个,做了菌液PCR,只有三个P出目的条带,所以测序的是三个,这三个都是一样的,我直接让测序公司拼接的,多的序列在测序结果的93-183,另外在其他部位还有多1-2个碱基的现象,只有几处,但是93-183这段不知道是什么?
世界上只有一种真正的英雄主义,那就是看清生活的真相之后,依然热爱生活。
3楼2014-01-28 09:49:03
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小木虫刘树青: 金币+3, ★有帮助 2014-01-28 16:26:32
youlinglyw: 金币+2 2014-07-19 09:21:14
看一下是否是第一内含子序列,也就是确认一下该基因是否存在可变剪接的可能。
总有一天我要修改用户名。
4楼2014-01-28 11:30:29
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