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小木虫刘树青木虫 (著名写手)
夜未眠
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测序结果与NCBI有差别，求解释！ 已有2人参与
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 测序结果与NCBI有差别，求解释！我现在P的是RNA的CDS序列，我引物设计正好是全长CDS，过程是先提RNA再反转cDNA，以cDNA为模板进行PCR，P出来后，胶回收，19T连接，转染，测序。 现在的问题是：NCBI上这段CDS序列长度为2019bp，可是测序结果却是2116BP，多了将近100bp，两端我也进行了Blast比对，结果相似度99%。我现在不知道这是为什么？ 我直接让测序公司拼接的，多的序列在测序结果的93-183，另外在其他部位还有多1-2个碱基的现象，只有几处，但是93-183这段不知道是什么？ 求高人解释 [ Last edited by 小木虫刘树青 on 2014-1-27 at 19:58 ] |
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4楼2014-01-28 11:30:29
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2楼2014-01-28 03:22:54
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137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2014-01-28 11:29:33
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蛋白的isoform是？请问怎么比对蛋白质序列啊？我用premer5里面核酸序列转换成蛋白质氨基酸的功能，比对后与NCbi上的CDS核酸序列翻译的蛋白质氨基酸只有30%相似，我是不是比错了，我是不是只用相似的核酸序列比对啊，也就是93-183以外的那些核酸序列翻译成的蛋白氨基酸与NCBI上的CDS翻译的蛋白质氨基酸比对啊？ 我挑了8个，做了菌液PCR，只有三个P出目的条带，所以测序的是三个，这三个都是一样的，我直接让测序公司拼接的，多的序列在测序结果的93-183，另外在其他部位还有多1-2个碱基的现象，只有几处，但是93-183这段不知道是什么？ |
3楼2014-01-28 09:49:03
小木虫刘树青
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