24小时热门版块排行榜    

查看: 2225  |  回复: 12

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 比较转录组学分析问题 已有3人参与

现有同一物种同一组织,不同发育阶段的转录组数据,如何进行分析呢?已知几个感兴趣的次生代谢物合成的基因,如何从转录组数据中筛选它们可能的调控基因?望大神们解惑啊!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

qinglanzhang

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wzw04 at 2014-01-14 08:24:05
不太明白,表达模式相似的,基因之间就一定有关联吗?...

基因表达水平随时空变化而变化,这种变化可以称为表达模式。用聚类软件就可以将表达模式相同的基因聚类,比如MeV 。推荐你看一篇文章,虽然是10年的,较老了,但是作为基础学习是很不错的。
Global analysis of gene activity during Arabidopsis seed development and identification of seed-specific transcription factors. (2010,PNAS)
12楼2014-01-14 17:52:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

2楼2013-12-24 19:13:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ysx0226

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
wzw04: 金币+2, 有帮助 2014-01-11 19:14:37
先blast再Go分类,再pathway分析,根据这些看看哪些基因和你的次生代谢基因同源性高,设计引物下一步
3楼2014-01-11 17:13:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ysx0226 at 2014-01-11 17:13:20
先blast再Go分类,再pathway分析,根据这些看看哪些基因和你的次生代谢基因同源性高,设计引物下一步

谢谢啊!
4楼2014-01-11 19:14:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖


wzw04: 金币+1, 有帮助 2014-01-13 16:31:57
这个要看你想要得到什么,还有你的转录组数据具体是什么?
5楼2014-01-13 01:21:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wizardfan at 2014-01-13 01:21:21
这个要看你想要得到什么,还有你的转录组数据具体是什么?

主要是想找到,植物体内次生代谢物变化相关的关键基因,但是如果按照发育阶段采样测序的话,不同阶段上调或下调的基因太多了,拿到数据后,不知道如何研究了。
6楼2014-01-13 16:34:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinglanzhang

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
wzw04: 金币+2, 有帮助 2014-01-14 08:22:52
用各个基因的表达值进行聚类分析,找到与你感兴趣的次生代谢物合成的基因表达模式相同的一类基因。
7楼2014-01-13 21:52:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖


wzw04: 金币+1, 有帮助 2014-01-14 08:21:53
引用回帖:
6楼: Originally posted by wzw04 at 2014-01-13 16:34:07
主要是想找到,植物体内次生代谢物变化相关的关键基因,但是如果按照发育阶段采样测序的话,不同阶段上调或下调的基因太多了,拿到数据后,不知道如何研究了。...

转录组数据到底是什么?范围太大了
NGS的reads还是基因芯片,还是别的什么?
8楼2014-01-13 22:18:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wizardfan at 2014-01-13 22:18:32
转录组数据到底是什么?范围太大了
NGS的reads还是基因芯片,还是别的什么?...

solexa Hiseq2000的数据
9楼2014-01-14 08:22:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by qinglanzhang at 2014-01-13 21:52:13
用各个基因的表达值进行聚类分析,找到与你感兴趣的次生代谢物合成的基因表达模式相同的一类基因。

不太明白,表达模式相似的,基因之间就一定有关联吗?
10楼2014-01-14 08:24:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员wRhtXE 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 0805 316求调剂 +3 大雪深藏 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:55 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 317求调剂 +9 申子申申 2026-03-19 15/750 2026-03-21 17:31 by 学员8dgXkO
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +5 纸鱼ly 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:11 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 材料与化工(0856)304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕英一数二306 +7 z1z2z3879 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:48 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 3/150 2026-03-20 23:24 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 287求调剂 +7 晨昏线与星海 2026-03-19 8/400 2026-03-20 22:19 by JourneyLucky
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
信息提示
请填处理意见