24小时热门版块排行榜    

查看: 2221  |  回复: 12

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] 比较转录组学分析问题 已有3人参与

现有同一物种同一组织,不同发育阶段的转录组数据,如何进行分析呢?已知几个感兴趣的次生代谢物合成的基因,如何从转录组数据中筛选它们可能的调控基因?望大神们解惑啊!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

qinglanzhang

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wzw04 at 2014-01-14 08:24:05
不太明白,表达模式相似的,基因之间就一定有关联吗?...

基因表达水平随时空变化而变化,这种变化可以称为表达模式。用聚类软件就可以将表达模式相同的基因聚类,比如MeV 。推荐你看一篇文章,虽然是10年的,较老了,但是作为基础学习是很不错的。
Global analysis of gene activity during Arabidopsis seed development and identification of seed-specific transcription factors. (2010,PNAS)
12楼2014-01-14 17:52:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

谢谢啊!
2楼2013-12-24 19:13:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ysx0226

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
wzw04: 金币+2, 有帮助 2014-01-11 19:14:37
先blast再Go分类,再pathway分析,根据这些看看哪些基因和你的次生代谢基因同源性高,设计引物下一步
3楼2014-01-11 17:13:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ysx0226 at 2014-01-11 17:13:20
先blast再Go分类,再pathway分析,根据这些看看哪些基因和你的次生代谢基因同源性高,设计引物下一步

谢谢啊!
4楼2014-01-11 19:14:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖


wzw04: 金币+1, 有帮助 2014-01-13 16:31:57
这个要看你想要得到什么,还有你的转录组数据具体是什么?
5楼2014-01-13 01:21:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wizardfan at 2014-01-13 01:21:21
这个要看你想要得到什么,还有你的转录组数据具体是什么?

主要是想找到,植物体内次生代谢物变化相关的关键基因,但是如果按照发育阶段采样测序的话,不同阶段上调或下调的基因太多了,拿到数据后,不知道如何研究了。
6楼2014-01-13 16:34:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinglanzhang

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
wzw04: 金币+2, 有帮助 2014-01-14 08:22:52
用各个基因的表达值进行聚类分析,找到与你感兴趣的次生代谢物合成的基因表达模式相同的一类基因。
7楼2014-01-13 21:52:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖


wzw04: 金币+1, 有帮助 2014-01-14 08:21:53
引用回帖:
6楼: Originally posted by wzw04 at 2014-01-13 16:34:07
主要是想找到,植物体内次生代谢物变化相关的关键基因,但是如果按照发育阶段采样测序的话,不同阶段上调或下调的基因太多了,拿到数据后,不知道如何研究了。...

转录组数据到底是什么?范围太大了
NGS的reads还是基因芯片,还是别的什么?
8楼2014-01-13 22:18:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wizardfan at 2014-01-13 22:18:32
转录组数据到底是什么?范围太大了
NGS的reads还是基因芯片,还是别的什么?...

solexa Hiseq2000的数据
9楼2014-01-14 08:22:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzw04

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by qinglanzhang at 2014-01-13 21:52:13
用各个基因的表达值进行聚类分析,找到与你感兴趣的次生代谢物合成的基因表达模式相同的一类基因。

不太明白,表达模式相似的,基因之间就一定有关联吗?
10楼2014-01-14 08:24:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员wRhtXE 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-19 9/450 2026-03-20 12:33 by lature00
[考研] 317求调剂 +4 申子申申 2026-03-19 8/400 2026-03-20 11:20 by 申子申申
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +11 yangfz 2026-03-17 11/550 2026-03-19 15:06 by houyaoxu
[考研] 化学求调剂 +3 临泽境llllll 2026-03-17 4/200 2026-03-19 13:59 by houyaoxu
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 344求调剂 +6 knight344 2026-03-16 7/350 2026-03-18 20:13 by walc
[考研] 化学工程321分求调剂 +15 大米饭! 2026-03-15 18/900 2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
信息提示
请填处理意见