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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求海洋古细菌的dgge引物
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琪瑶儿

金虫 (小有名气)

[求助] 求海洋古细菌的dgge引物 已有2人参与

海洋沉积物样品，想做dgge，分析细菌群和古细菌群落。
求教，古细菌的pcr需要怎么做，反应程序和引物分别是什么？
有做相关领域的同学吗？
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海洋环境微生物《DGGE，海洋污染修复
1楼 2013-12-18 08:55:17
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琪瑶儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 开云者 at 2013-12-18 21:32:56
引物：518R        ATTACCGCGGCTGCTGG
GC-338F        GCclamp-CCTACGGGAGGCAGCAG﹡
﹡GCclamp：CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG
程序：94°C预变性5min;
94°C变性30s,
54°C退火30s,    30个循环
72°C延伸30s ...

这个是常用细菌的引物吧，不是古细菌的吧
赞一下 回复此楼
海洋环境微生物《DGGE，海洋污染修复
3楼2013-12-26 15:05:08
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查看全部 5 个回答

开云者

铜虫 (正式写手)
引物：518R        ATTACCGCGGCTGCTGG
GC-338F        GCclamp-CCTACGGGAGGCAGCAG﹡
﹡GCclamp：CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG
程序：94°C预变性5min;
94°C变性30s,
54°C退火30s,    30个循环
72°C延伸30s,
72°C延伸7min。
没有任何问题
赞一下 回复此楼
挥霍不起青春
2楼2013-12-18 21:32:56
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开云者

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 琪瑶儿 at 2013-12-26 15:05:08
这个是常用细菌的引物吧，不是古细菌的吧...

对，常用细菌的，古细菌不可以吗？
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挥霍不起青春
4楼2013-12-26 22:44:12
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muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你可以试一下
931f AGG AAT TGG CGG GGG AGC A
m1100r BGG GTC TCG CTC GTT RCC
Einen Jorn et al 2008
enumuration of Archaea and Bacteria in seafloor basalt using reat-time quantitative PCR and fluorescence microscopy
这个是qpcr引物。你可以尝试加上GCclamp 作为DGGE 引物用。不过扩增片段是在哪个多变区你就得自己研究一下了，看看能不能区分不同物种
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5楼2013-12-27 13:53:56
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