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琪瑶儿

金虫 (小有名气)

[求助] 求海洋古细菌的dgge引物 已有2人参与

海洋沉积物样品,想做dgge,分析细菌群和古细菌群落。
求教,古细菌的pcr需要怎么做,反应程序和引物分别是什么?
有做相关领域的同学吗?
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海洋环境微生物《DGGE,海洋污染修复
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开云者

铜虫 (正式写手)

引物:518R        ATTACCGCGGCTGCTGG
GC-338F        GCclamp-CCTACGGGAGGCAGCAG﹡
﹡GCclamp:CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG
程序:94°C预变性5min;
94°C变性30s,
54°C退火30s,    30个循环
72°C延伸30s,
72°C延伸7min。
没有任何问题
挥霍不起青春
2楼2013-12-18 21:32:56
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琪瑶儿

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 开云者 at 2013-12-18 21:32:56
引物:518R        ATTACCGCGGCTGCTGG
GC-338F        GCclamp-CCTACGGGAGGCAGCAG﹡
﹡GCclamp:CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG
程序:94°C预变性5min;
94°C变性30s,
54°C退火30s,    30个循环
72°C延伸30s ...

这个是常用细菌的引物吧,不是古细菌的吧
海洋环境微生物《DGGE,海洋污染修复
3楼2013-12-26 15:05:08
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开云者

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 琪瑶儿 at 2013-12-26 15:05:08
这个是常用细菌的引物吧,不是古细菌的吧...

对,常用细菌的,古细菌不可以吗?
挥霍不起青春
4楼2013-12-26 22:44:12
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muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你可以试一下
931f AGG AAT TGG CGG GGG AGC A
m1100r BGG GTC TCG CTC GTT RCC
Einen Jorn et al 2008
enumuration of Archaea and Bacteria in seafloor basalt using reat-time quantitative PCR and fluorescence microscopy
这个是qpcr引物。你可以尝试加上GCclamp 作为DGGE 引物用。不过扩增片段是在哪个多变区你就得自己研究一下了,看看能不能区分不同物种
5楼2013-12-27 13:53:56
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