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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » RACE出来的序列怎么确定是自己要的目的mRNA上的序列？
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David勇

木虫 (小有名气)

[求助] RACE出来的序列怎么确定是自己要的目的mRNA上的序列？

我让公司做5‘ＲＡＣＥ，现在结果已经出来了，而且有几十个碱基是我提供的mRNA5’端的序列，这样是不是就可以确定是正确结果了。我在pubmed上BLAST及在UCSC上BLAT却不能比对出测出来的序列和自己提供的核心序列在同一条染色体上。我想问下这样比对应该能出来结果吗？还是因为原来的5‘端还是一个未知序列，所以不能比对出来。
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1楼 2013-11-13 10:13:22
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匿名

用户注销 (小有名气)
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4楼2013-11-28 16:23:51
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-11-13 12:40:04
David勇: 金币+5, ★有帮助, 谢谢 2013-11-16 22:06:54
RACE是从已知的EST序列上延伸得到的未知片段，如果和你已知的序列有连续40个核苷酸一致，或者相似度在95%以上，可以认为是得到了该EST的未知序列。
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2楼2013-11-13 10:56:13
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David勇

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tiani_tan at 2013-11-13 10:56:13
RACE是从已知的EST序列上延伸得到的未知片段，如果和你已知的序列有连续40个核苷酸一致，或者相似度在95%以上，可以认为是得到了该EST的未知序列。

那么将组合之后的序列放在pubmed上Blast比对，以及在UCSC的BLAT却不能找到，这是正常的吗？
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3楼2013-11-13 22:19:20
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David勇

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 20101296 at 2013-11-28 16:23:51
正常的啊 必须是同一物种统一基因才到达到最大程度的匹配 如果就在数据库里面匹配 如果没有这个序列存储 这也是属于正常的现象

谢谢
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5楼2013-11-28 19:52:04
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