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千年夏日

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何确定密码子从序列第几位开始？

请教大家一个问题~~
我有好几段几百bp的同源序列，已知这是蛋白质编码区，经过比对后把两端不对齐的切掉后，怎么确定修剪后序列的第一位是密码子的第几位呢？也就是说怎么确定序列第几位开始是密码子的第一位嘞？不一定指起始密码子
如果有什么生物软件可以用，麻烦介绍一下该软件的教程！！谢谢各位！！！！！

[ Last edited by 千年夏日 on 2013-2-21 at 12:21 ]
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1楼 2013-02-21 11:27:41
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世外清风

铁杆木虫 (职业作家)

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楼主可用Primer5按3种起始方式分别翻译成氨基酸序列，然后将得到的氨基酸序列用BLAST与同源氨基酸序列进行比对，同源性高的一般应该就是的了。
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2楼2013-02-22 09:23:47
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robustli

银虫 (小有名气)

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如果是分泌蛋白或着是上膜蛋白，可以试试用一下信号肽预测软件是从哪开始的
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immunologyparasite
3楼2013-02-22 09:44:18
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chriscda

木虫 (小有名气)

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在Vector NTI里使用Analyses菜单下的Find ORF功能，默认的参数是寻找以ATG或GTG开始，连续至少150bp不出现TAA、TGA或TAG终止密码子的片段，标记为开放阅读框。大多数情况下在你输入的序列上预测出的正向的最长的片段就是实际的cds。
但是对于可能不以ATG开头的不完整开放阅读框，你可以选择参数窗口的Incomplete ORF选项。这样得到的正向的最长的结果就比较可能是你要的结果。
cds区别于非cds一般的特征是cds中间没有终止密码子，非cds一般翻译20个氨基酸就难免出现终止密码子了。基于这个特点，你可以按照楼上的同学提供的方法，从1、2、3三个起始相位开始翻译，手工进行预测，这和我前面说的软件预测的原理是相同的。
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4楼2013-02-22 16:06:14
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