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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎么计算蛋白的等电点，谢谢
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475502411

铜虫 (著名写手)

[求助] 怎么计算蛋白的等电点，谢谢

我是用一个软件计算蛋白的等电点，但是突然想到在目的蛋白的前后还有一些片段也会翻译成蛋白，所以计算等电点时除了考虑标签的影响，要不要把载体上，目的片段前后的一些序列也翻译成蛋白啊？

敬请高手指点
谢谢
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
1楼 2012-08-20 17:50:16
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

生物-TJAB

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-22 15:03:35
软件也是不十分可靠的！你可以根据软件所得到的值分别过阴阳离子柱来进一步的确定啊！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2012-08-20 23:56:12
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河外生命

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
当然要包括翻译出来的所有的氨基酸了，只要没被蛋白酶切掉。
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事在人为
3楼2012-08-20 23:59:19
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tanglian8655

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从相应的起始位置开始计算
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4楼2012-08-21 08:48:52
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河外生命

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-22 15:03:58
引用回帖:
5楼: Originally posted by 475502411 at 2012-08-21 13:06:38
就是说的从起始密码子到终止密码子全翻译出来看等电点？还是我在软件里直接输入目的蛋白，加上所带标签啊？谢谢...

大肠杆菌表达就从起始到终止密码子，这段序列才是你真正拿到手的蛋白序列。如果是用酵母表达，情况要复杂些，它表达出来有时会经过蛋白酶加工，会将N端切掉一段，需要考虑水解的情况。
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事在人为
8楼2012-08-21 21:06:06
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河外生命

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
475502411: 金币+2 2012-08-27 18:45:55
如果连在载体的起始序列后，当然从载体序列算起；如果载体的序列切掉了，从你的蛋白的序列开始翻译，当然只算你的蛋白就可以了。
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事在人为
10楼2012-08-22 20:01:12
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jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你说的这几个载体网上都有公布序列吧
查一下看看吧
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11楼2012-08-23 08:36:25
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枫叶留殇

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可搜索一下Expasy,里面有等电点的估算，还有ＤＮＡ的翻译
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在冲往未来的道路上，我会全力以赴~~~
12楼2012-08-23 15:25:41
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匿名

用户注销 (小有名气)
★ ★ ★
475502411: 金币+3 2012-08-27 18:45:07
本帖仅楼主可见
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13楼2012-08-23 18:21:12
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生物-TJAB

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-24 13:50:21
引用回帖:
6楼: Originally posted by 475502411 at 2012-08-21 13:08:06
这样啊，但是我的载体PET-TRX、PET-DSbA、PET-His我没有他们的全序列，测序也只是一部分，我怎么计算啊？
谢谢...

那就用软件吧！除了标签和目的蛋白应该没多少额外的氨基酸吧！额外的应该影响不大，就直接输入标签加目的蛋白就行了！再说软件就是估算啊！做多了就不会纠结这些了！

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14楼2012-08-24 10:04:27
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普通回帖

475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 河外生命 at 2012-08-20 23:59:19
当然要包括翻译出来的所有的氨基酸了，只要没被蛋白酶切掉。

就是说的从起始密码子到终止密码子全翻译出来看等电点？还是我在软件里直接输入目的蛋白，加上所带标签啊？谢谢
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
5楼2012-08-21 13:06:38
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475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tanglian8655 at 2012-08-21 08:48:52
从相应的起始位置开始计算

这样啊，但是我的载体PET-TRX、PET-DSbA、PET-His我没有他们的全序列，测序也只是一部分，我怎么计算啊？
谢谢
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
6楼2012-08-21 13:08:06
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475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 生物-TJAB at 2012-08-20 23:56:12
软件也是不十分可靠的！你可以根据软件所得到的值分别过阴阳离子柱来进一步的确定啊！

这样啊，但是听起来好麻烦啊，我现在把一个目的片段谅解了5个载体，这样挺浪费时间的，我只是想大概看一下。
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可以朝九晚五，也能浪迹天涯
7楼2012-08-21 13:09:26
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475502411

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 河外生命 at 2012-08-21 21:06:06
大肠杆菌表达就从起始到终止密码子，这段序列才是你真正拿到手的蛋白序列。如果是用酵母表达，情况要复杂些，它表达出来有时会经过蛋白酶加工，会将N端切掉一段，需要考虑水解的情况。...

您好，我出初做，了解的很少。请问我序列本身有起始密码子，但是载体本身也有，我就不知道应该从我的起始密码子算起还是冲启动子的位置算起，看蛋白的等电点和疏水性？谢谢
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9楼2012-08-22 16:06:08
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