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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DNA提取时有RNA污染
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wangliually

新虫 (初入文坛)

[求助] DNA提取时有RNA污染

我提取植物的DNA出现严重的RNA污染，这是为什么？我采用的是NY1485-4-2010的CTAB有机法，没有加RNA酶。请问RNA酶是必须加的吗？传统的酚氯仿方法中去除RNA的是哪一步？采用国标的方法如果不加RNA酶的话可否除去RNA污染？
DNA提取时有RNA污染
20131009有机法.JPG
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1楼 2013-10-11 11:02:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xl_dut

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangliually: 金币+5, ★有帮助 2013-10-11 21:35:57
加入适量的RNA酶，37℃消化30-45min就好了！
传统的碱裂解法提取DNA时也需要加入一定量的RNase的，虽然碱性条件下RNA会发生自动降解，但细胞内的RNA丰度较高，还是需要加入一定量的RNase的。试剂盒提供的方法一般是在溶液I中加入少量RNase，可以取得较好的去除RNA效果，也可以在提取的最后一步加入RNase。
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一日之计在于昨天！
2楼2013-10-11 12:22:35
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不加RNase的话样品里当然有RNA。一般是加在破碎前的缓冲液里。如果前期步骤中有用到蛋白酶K，可以在酚氯仿抽提后加。
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4楼2013-10-11 14:45:34
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普通回帖

淘淘279

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看你的情况应该加Rna酶
传统的酚氯仿方法中去除RNA一般在前三个溶液里加入RNA酶。
我们一般在溶液一里面加入RNA酶。
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你能做的永远不止这些！
3楼2013-10-11 13:38:28
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wangliually

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xl_dut at 2013-10-11 12:22:35
加入适量的RNA酶，37℃消化30-45min就好了！
传统的碱裂解法提取DNA时也需要加入一定量的RNase的，虽然碱性条件下RNA会发生自动降解，但细胞内的RNA丰度较高，还是需要加入一定量的RNase的。试剂盒提供的方法一般是 ...

那点样孔里亮是怎么回事呢？是蛋白质污染吗？
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5楼2013-10-11 21:37:06
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wangliually

新虫 (初入文坛)
还有，点样孔为什么会有亮带？是蛋白质污染吗？如果是的话，我在接下来的操作中应该怎样改进呢？
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6楼2013-10-11 21:38:47
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wangliually

新虫 (初入文坛)
还有，点样孔为什么会有亮带？是蛋白质污染吗？如果是的话，我在接下来的操作中应该怎样改进呢？
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7楼2013-10-11 21:39:42
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xl_dut

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangliually at 2013-10-11 21:37:06
那点样孔里亮是怎么回事呢？是蛋白质污染吗？...

应该是大片段的基因组DNA，楼主跑胶的时间太短了，Marker都没跑开，建议用RNase消化以后重新跑胶！
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一日之计在于昨天！
8楼2013-10-12 07:41:56
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wangliually

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xl_dut at 2013-10-12 07:41:56
应该是大片段的基因组DNA，楼主跑胶的时间太短了，Marker都没跑开，建议用RNase消化以后重新跑胶！...

已经跑到底了，时间再长的话，就跑飞了，怎么办？
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9楼2013-10-12 09:04:01
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xl_dut

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangliually at 2013-10-12 09:04:01
已经跑到底了，时间再长的话，就跑飞了，怎么办？...

敢问楼主用的是什么Marker，Marker都没跑开基因组DNA是不会跑出去的。另外，跑在最前端的是小片段的RNA及寡核苷酸，不用担心。而且有溴酚蓝指示剂，大概等到指示剂跑到1/4~3/4处即可。
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一日之计在于昨天！
10楼2013-10-12 11:04:42
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