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jinqimaggie

铁虫 (小有名气)

[交流] 为什么我的微小RNA跑胶条带是一团一团的而不是一条一条的带呢 跪谢

如图所示，我每条lane的每条带都是一团。。。很模糊很胖。。而人家文献里的都是漂亮的小矩形带。。
我是用p32标记的RNA 然后跑15%polyacrylamide胶
请各位大神帮我分析一下 看看实验过程中哪些需要注意哒？
谢谢！！
为什么我的微小RNA跑胶条带是一团一团的而不是一条一条的带呢 跪谢
End User 2013-07-18 15hr 01min 6hr 2hr incub.jpg
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1楼 2013-10-10 05:06:46
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fuyuandj86

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+5, 鼓励交流！ 2013-11-05 11:51:30
你这图弥散太厉害,所以我也说不太准,不过有以下可能性:
1. 你这RNA可能有点降解,试验中加Rnase抑制剂,用DEPC处理水,反正注意减少Rnase干扰或许能有帮助
2. 你这是跑的尿素胶还是EMSA(native gel)? 图上有加蛋白的泳道吗?看起来好像有三种条带. 如果怀疑降解了的话, 可以先跑个尿素胶看看.虽然我不太相信,听别人说在native gel上有时候RNA有不同的二级结构,所以最好用前先95度3分钟破坏二级结构, 然后冷却, 使其主要形成最稳定的二级结构, 减少其他不同的二级结构. 不过如果是尿素胶大概就无所谓了.
3. P32标记的时候, 有时候ATP没除干净底下会有一大坨,可能你这个看到的就是ATP
4.而且我觉得你的强度也不太够啊, 似乎就是p32标记得不太好
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2楼2013-10-10 05:17:30
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jinqimaggie

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2013-10-10 05:17:30
你这图弥散太厉害,所以我也说不太准,不过有以下可能性:
1. 你这RNA可能有点降解,试验中加Rnase抑制剂,用DEPC处理水,反正注意减少Rnase干扰或许能有帮助
2. 你这是跑的尿素胶还是EMSA(native gel)? 图上有加蛋白的 ...

谢谢：），我用的是UREA TBE polyacrylamide胶  
P32半衰期可能会影响信号。。 但是我的条带实在是太胖了。。我做transcription时也加了RnaseIhibitor 不知道是不是降解。
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3楼2013-10-10 05:30:52
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沙门小rna

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我的图也是。。。你上样量多少？估计上样量太多了
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4楼2013-11-04 20:36:11
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