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枫叶丹

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[求助] 怎么用mega比对不同长短的序列

我的序列长度差异太大，在mega中经过clustal W比对后仍有几条序列不一致，我有几条序列只有200bp而其他的都是1000多bp，怎么办

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【求助/交流】新手请教如何对不同物种中某一酶的氨基酸序列进行比对再设计简并引物啊� 已经有10人回复

1楼 2013-09-04 11:21:55

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枫叶丹

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这是上面问题的图片

怎么用mega比对不同长短的序列

ADE~8D$1C4M[QBQL]O@QE@S.jpg

怎么用mega比对不同长短的序列-1

H@TAR)I{B`L16(I@RX1OL1H.jpg

2楼2013-09-04 15:13:14

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erlei

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
枫叶丹: 金币+10, ★★★很有帮助, 看来还是要取齐，我明白怎么做了 2013-09-05 08:25:05

你要先确定你的序列对不对，如果是同一个基因的序列，相差一般不回如此悬殊；还有，序列比对最好要截取长度差不多的，clustal可以可以将序列取齐。参数方面没有什么问题，模型那块看你用什么了，一般是p-distance 或kimura2-parameter

3楼2013-09-05 08:14:34

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