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yxliu

金虫 (小有名气)

[求助] 引物退火温度怎么确定?

我的上游引物Tm(50mmna+)67.5,GC%73.3,下游引物Tm56.5,GC%46.7.PCR退火温度设置50-64,电泳都没有跑出条带,但用别人的引物能够跑出。退火温度设置不合适还是需要重新设引物。新手求教。谢谢。
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yxliu at 2013-07-24 14:56:16
目的片段1300多,模板cDNA。用的20ul的体系,引物各1,模板2,2xTaq 10,水补足。程序94度预变性5min.变性30s退火梯度50-64.30s,延伸72度90s。32个循环。最后72度10min。我想提高退火温度再试试。...

你是说用你的模板,别人的引物P其它基因可以P出来?cDNA为模板P时模板量本身会与你的目的基因的表达量有关,与其它基因很难比的。
PS:两个引物退火温度不一致时以Tm低的为准考虑PCR条件。
7楼2013-07-24 23:23:54
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yxliu: 金币+1, 有帮助 2013-07-24 14:59:40
yxliu: 金币+1 2013-07-24 21:35:38
PCR目的片段多大,模板是什么,把具体体系和程序写下来。
2楼2013-07-24 12:59:34
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-24 13:12:56
yxliu: 金币+1, 要做的方向不一样。。。。 2013-07-24 14:59:09
别人的引物能跑出来,那就说明 你的引物不是特别好。
另外还想对楼主说一句,不要总是纠结自己一定做好每一步,如果别人的能用就用别人,毕竟实验最终的目的才是最重要的。
3楼2013-07-24 13:06:50
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yxliu

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-24 12:59:34
PCR目的片段多大,模板是什么,把具体体系和程序写下来。

目的片段1300多,模板cDNA。用的20ul的体系,引物各1,模板2,2xTaq 10,水补足。程序94度预变性5min.变性30s退火梯度50-64.30s,延伸72度90s。32个循环。最后72度10min。我想提高退火温度再试试。
4楼2013-07-24 14:56:16
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