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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 新人做qRT-PCR 引物怎么设计？
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lamborghini_

铜虫 (正式写手)

[交流] 新人做qRT-PCR 引物怎么设计？ 已有3人参与

之前找同学教我在pubmed里面搜索 各种mRNA的编号以及正向引物和反向引物。我要做几种CYP代谢酶，分别是CYP1A2，CYP2B6，CYP3A4。 我同学告诉我搜索引物的时候要注意看不同种属，我想搜大鼠的CYP2B6但是搜到想要的结果。这里我有个问题：CYP代谢酶的引物需要区分种属吗？在此之前我一直认为人类和大鼠的CYP引物是通用的，做qPCR时不需要更换引物，我想问问各位前辈，关于引物的设计到底要不要区分种属？？  还有，对于我这种新人来说，不会搜索合适的引物，能否直接用文献里面提供的序列来合成？？
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以勤奋为信仰者必成大器
1楼 2013-07-13 10:44:03
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2464514082

新虫 (小有名气)
在NCBI上找保守序列，然后用Primer5.0设计，里面会有评分，一般在80以上就可以
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3楼2013-07-13 15:33:56
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zhouking8758

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-07-13 14:32:00
下载不同种属的CYP基因序列比较一下，看相似性高不高，序列保不保守。
如果引物区完全一致，那么不同种属的引物就一直。如果引物区高度保守，那么可以设计简并引物，这样不同种属也可以用相同引物。
另外，文献里面的引物通常可以用，不然文章就涉嫌造假了。
最后，可以用引物设计软件来设计适合的引物，在线平台和本地软件都有很多。。。
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2楼2013-07-13 12:37:50
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lamborghini_

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhouking8758 at 2013-07-13 12:37:50
下载不同种属的CYP基因序列比较一下，看相似性高不高，序列保不保守。
如果引物区完全一致，那么不同种属的引物就一直。如果引物区高度保守，那么可以设计简并引物，这样不同种属也可以用相同引物。
另外，文献里 ...

恩   谢谢你的建议~   我会再去学习这方面的只是的
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以勤奋为信仰者必成大器
4楼2013-07-16 11:15:07
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sc5921041

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你做这几个东西没有参考文献吗？ 他们用的序列就完全可以用
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nostalgia
6楼2013-07-16 12:32:24
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