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jnzhaoxy

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于重叠PCR的问题~

最近在做重叠PCR,要把一个基因的两个外显子连起来,选用的是Pfu扩增以获得这两个外显子片段,但是PCR结果是一点条带也没有,引物二聚体很亮,P了两次都这样;后来改用Ex Taq,其他都不变,PCR得到了很明显的目的条带,说明我的引物是没有问题的。请问我下一步应该怎么办呢?实验室有人建议我将以上片段回收,连T载后再用Pfu扩增,这种方法好不?再或者有没有更好的方法~菜鸟一枚,跪求指点!
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无疆@行者

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-10 18:45:32
Pfu具有高保真性,但是经常会扩不出来,不知道你的条带是多大,用一般的酶应该也是没有问题的。
你的目的就是获得这两个片段,建议还是往下进行吧,构建出来送公司测序就行。
2楼2013-07-10 17:07:37
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-07-17 15:59:12
接楼上的回答补充一点, 普通Tag酶会在PCR产物两端3'处加A. 楼主如用Tag要注意这个多出的A和你要融合的片段是否兼容.
3楼2013-07-10 17:14:30
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huanghznd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 很对! 2013-07-17 15:58:45
做重叠延伸PCR连接外显子一定不能用普通Taq,因为会3'处加A,造成移码。可以用不同的Pfu扩增,也可以调整一下反应体系。
4楼2013-07-17 13:39:21
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wangweida2

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-07-17 15:59:00
Pfu酶的扩增效率蛮低的,如果片段比较大建议换其它的高保真酶。其次看你做融合片段目的是什么了,如果是定点突变做阳性对照的话Taq酶也没啥大问题。做表达的话就要注意突出的A碱基了。
5楼2013-07-17 14:42:21
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jnzhaoxy

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 无疆@行者 at 2013-07-10 17:07:37
Pfu具有高保真性,但是经常会扩不出来,不知道你的条带是多大,用一般的酶应该也是没有问题的。
你的目的就是获得这两个片段,建议还是往下进行吧,构建出来送公司测序就行。

片段大小一个1700bp,一条250bp,后改用Primer STAR,P出来了,谢谢
6楼2013-09-20 21:53:39
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jnzhaoxy

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wangweida2 at 2013-07-17 14:42:21
Pfu酶的扩增效率蛮低的,如果片段比较大建议换其它的高保真酶。其次看你做融合片段目的是什么了,如果是定点突变做阳性对照的话Taq酶也没啥大问题。做表达的话就要注意突出的A碱基了。

我融合片段是为了做表达,改用primer star,成功了
7楼2013-09-20 21:56:15
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