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cnb1987

银虫 (小有名气)

[求助] 请教一些原核表达的问题。

我现在在做一个基因的转录本检测,现在发现了几个转录本,都是连接到T载体克隆测序的,下一步想做原核表达,现在我用的是PET-28a载体,上面有Eco I 和 Hind III酶切位点,T载体上也有相应的酶切位点,请问我是不是可以直接双酶切T载体,然后连接到PET-28a载体上做原核表达?这种做法可行?需要注意一些上面问题呢?
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zhoulubin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
cnb1987: 金币+2 2013-08-05 15:31:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by cnb1987 at 2013-08-03 16:19:56
你好,原核表达,对于不同的剪切体,是不是要分析其ORF?我分析一些剪切体的ORF,发现其编码的蛋白很小。...

“剪切体”是什么?
你把你目的片段酶切下来,连接到表达载体后,从表达载体的起始位点开始往下翻译,看这个氨基酸与目的蛋白的氨基酸序列是否一致。
不存在什么ORF,直接从表达载体的起始位点起始翻译,三个三个往下读
每个年龄都有其最应该做的事,但只有过了那个年龄自己才知道
8楼2013-08-05 10:57:13
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普通回帖

zhoulubin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cnb1987(myprayer代发): 金币+2, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-19 08:13:33
cnb1987: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-06-19 17:03:30
首先你这种想法理论上是可行的,但有很大风险
1.你不能保证目的片段连接到T vector上的方向,如果是反向连接,这样就肯定表达不出目的蛋白;
2.你不能保证从T载体上切下来再和pET28a连接后,读框没变。如果读框变了,也表达不出目的蛋白。
基于这两点,你这种方法成功的概率相当小。
还是自己在目的片段上添加上酶切位点吧,当然这个酶切位点可以和T Vector上的重复,这不影响。
每个年龄都有其最应该做的事,但只有过了那个年龄自己才知道
2楼2013-06-18 16:15:42
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cnb1987(myprayer代发): 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-19 08:13:42
cnb1987: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-06-19 17:02:44
不能这么做的,ORF会改变或者多出氨基酸。
设计带酶切位点、保护碱基的引物,以连接有目的基因的T载体为模板,用高保真的酶如Pfu进行扩增,PCR产物切胶回收后直接酶切,再连接pET28。
3楼2013-06-18 21:23:23
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cnb1987

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-06-18 21:23:23
不能这么做的,ORF会改变或者多出氨基酸。
设计带酶切位点、保护碱基的引物,以连接有目的基因的T载体为模板,用高保真的酶如Pfu进行扩增,PCR产物切胶回收后直接酶切,再连接pET28。

嗯,我知道了,谢谢啊!
4楼2013-06-19 17:03:04
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cnb1987

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhoulubin at 2013-06-18 16:15:42
首先你这种想法理论上是可行的,但有很大风险
1.你不能保证目的片段连接到T vector上的方向,如果是反向连接,这样就肯定表达不出目的蛋白;
2.你不能保证从T载体上切下来再和pET28a连接后,读框没变。如果读框变 ...

嗯,我知道了,现在得重新设计引物,从CDS起始密码子开始设计引物。
5楼2013-06-19 17:04:08
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dcb005

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是可行,但要注意frame 不移码就行,为了自己放心还是自己在引物末端加酶
★穷则独善其身,达则兼济天下★
6楼2013-06-19 17:07:29
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cnb1987

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhoulubin at 2013-06-18 16:15:42
首先你这种想法理论上是可行的,但有很大风险
1.你不能保证目的片段连接到T vector上的方向,如果是反向连接,这样就肯定表达不出目的蛋白;
2.你不能保证从T载体上切下来再和pET28a连接后,读框没变。如果读框变 ...

你好,原核表达,对于不同的剪切体,是不是要分析其ORF?我分析一些剪切体的ORF,发现其编码的蛋白很小。
7楼2013-08-03 16:19:56
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cnb1987

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhoulubin at 2013-08-05 10:57:13
“剪切体”是什么?
你把你目的片段酶切下来,连接到表达载体后,从表达载体的起始位点开始往下翻译,看这个氨基酸与目的蛋白的氨基酸序列是否一致。
不存在什么ORF,直接从表达载体的起始位点起始翻译,三个三个 ...

就是不同的转录本,我现在发现我扩增出来的目的片度,它的长度不是三的倍速。它也能翻译出蛋白么?
9楼2013-08-05 15:31:05
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zhoulubin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by cnb1987 at 2013-08-05 15:31:05
就是不同的转录本,我现在发现我扩增出来的目的片度,它的长度不是三的倍速。它也能翻译出蛋白么?...

连接到原核表达载体上是可以翻译出蛋白的,但如果读框错了,翻译出的蛋白就不是目的蛋白,就没什么意思了。你可以把目的片段贴出来看看。
这么久还没构建好
每个年龄都有其最应该做的事,但只有过了那个年龄自己才知道
10楼2013-08-05 16:43:07
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