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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求3‘RACE引物设计
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yan.007133

铁虫 (小有名气)

[求助] 求3‘RACE引物设计

同源克隆得到一段序列，只有90多bp，想进行3’RACE进行扩增，takara 3‘RACE试剂盒。
序列为TGTCATATCTCTGGTGCTCATGTCAATCCTGCTGTCTCTTTCGGGTTTGCATGTGTCCGAAGGCTTCCTTGGCCGCAGGTACTCATTCCAAGCCTGAACT
之前设计了两个引物扩增出来的都是弥散的条带，求有相关经验的人帮忙设计
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1楼 2013-06-18 08:46:28
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yan.007133

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhoulubin at 2013-06-18 16:29:22
90bp太短，都有可能不是目的基因，建议blast比对一下

我是同源克隆得到的序列，而且是未测序物种，所以无法得知是否是目的片段。blastp是有目的蛋白保守结构域的，但是我也极度怀疑是不是凑巧？？？99bp的片段做RACE有希望吗？全长1kb左右！帮帮我吧，谢了
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3楼2013-06-21 16:43:09
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zhoulubin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
yan.007133(myprayer代发): 金币+1, Gifts of roses, hand there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-06-19 08:14:30
90bp太短，都有可能不是目的基因，建议blast比对一下
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每个年龄都有其最应该做的事，但只有过了那个年龄自己才知道
2楼2013-06-18 16:29:22
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zhoulubin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by yan.007133 at 2013-06-21 16:43:09
我是同源克隆得到的序列，而且是未测序物种，所以无法得知是否是目的片段。blastp是有目的蛋白保守结构域的，但是我也极度怀疑是不是凑巧？？？99bp的片段做RACE有希望吗？全长1kb左右！帮帮我吧，谢了...

我比对了一下，bblastx的结果显示具有一个MIP Superfamily，但相似度不高，打分只有40分左右。一般保守序列相似度都比较高，怎么地也要200分，相似线为红线吧？
你可以看看其他同源序列是否也是这个保守序列。
建议拿简并引物再P一次，多送几个单克隆测序。
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每个年龄都有其最应该做的事，但只有过了那个年龄自己才知道
4楼2013-06-22 11:56:12
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HW_BOBO

新虫 (初入文坛)
你好，我最近也在做同源克隆，得到了一段130bp的片段，想问下你之前的是不是做出来了，你觉得我的可以做出来吗？比对了一下，同源性有70%多
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5楼2013-11-11 12:50:19
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