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alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树做出来怪怪的。。。

本人是学环境的，原来没有接触过这方面知识~用mega5做出来的发育树是图中的样子，33是我的样品，这个图是不是不能用？是不是我的序列有问题啊？
求教！

33.jpg
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1楼 2013-04-30 13:31:17
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

馨沁

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-02 01:15:26
模式菌株选择的问题建树流程为 将你的序列输入NCBI，找出与其相似性为99%或100%，的菌种 然后将属名
输入http://www.straininfo.net/的搜索栏中，找到该属的模式菌株，每个种找出一个有代表性的细菌
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2楼2013-04-30 18:23:49
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普通回帖

alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 馨沁 at 2013-04-30 18:23:49
模式菌株选择的问题建树流程为 将你的序列输入NCBI，找出与其相似性为99%或100%，的菌种 然后将属名
输入http://www.straininfo.net/的搜索栏中，找到该属的模式菌株，每个种找出一个有代表性的细菌

没有明白。。。我的序列可用部分只有150个碱基左右，在那个NCBI比完之后，将下面给出的结果都选上了，用MEGA5做出来的图就是上面那种情况，算法用的是neighbor-joining，但是用maximum parsimony法做的看起来就好一些，如图。但是我不懂能不能用maximum parsimony法来做。
目前还有一个月就答辩了，才开始做这个。。。

34.jpg
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3楼2013-05-01 21:09:13
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馨沁

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-06 02:21:07
应该可以 系统发育树就是说明你菌株的进化关系，序列比对基本上就鉴定到属了，不过一般16SrRNA是一千五百bp左右啊
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4楼2013-05-04 20:12:39
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alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 馨沁 at 2013-05-04 20:12:39
应该可以 系统发育树就是说明你菌株的进化关系，序列比对基本上就鉴定到属了，不过一般16SrRNA是一千五百bp左右啊

我用的引物pcr完就只有200bp了。。
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5楼2013-05-05 12:06:28
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一一8778

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
alittlebirdy: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-05 23:59:22
alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-06 02:21:24
你扩增的是16S的话，建议在设计一对引物，是可以获得1.5Kb的基因序列的。200比较是不是有点短了？系统进化树在做的时候物种的选择需要挑选已经发表的模式菌株，系统进化树分支上面的数字一般都是大于50才可靠，具体多看看菌株描述的外文文献，有一个国际期刊是专门刊登新物种的，看几篇哪里的文献，你就知道你的系统发育树存在的问题了
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6楼2013-05-05 13:09:37
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wangzply

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2013-05-05 13:44:03
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alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangzply at 2013-05-05 13:44:03
你所用的引物不是很适合，而且，那个树里面的bar 也标明你的这个树是不成功的

bar是指什么哦？怎么看出成功不成功啊？引物我是参考文献里面的，没有自己设计~
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8楼2013-05-05 18:04:45
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alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 一一8778 at 2013-05-05 13:09:37
你扩增的是16S的话，建议在设计一对引物，是可以获得1.5Kb的基因序列的。200比较是不是有点短了？系统进化树在做的时候物种的选择需要挑选已经发表的模式菌株，系统进化树分支上面的数字一般都是大于50才可靠，具体 ...

您看我2楼的那个图是大于50的，用maximum parsimony算法做的，跟neighbor-joining算的差好多
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9楼2013-05-05 18:07:42
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一一8778

铜虫 (小有名气)
★
alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-06 02:21:36
引用回帖:
9楼: Originally posted by alittlebirdy at 2013-05-05 18:07:42
您看我2楼的那个图是大于50的，用maximum parsimony算法做的，跟neighbor-joining算的差好多...

一般我们用的不是这个模型maximum parsimony，我们用neighbor-joining模型，你去除几个菌株，就会改变很大，另外选择的菌株也有讲究的，目前细菌的分类不是多的可以用无数来形容，真正鉴定过的菌株就那么几个属里面的，几个种类，况且16S的简单可以到属一水平，所以你在做系统进化树的时候把这个属的菌株多选择一些，然后在选几个同科的其他属的同源性高的菌株建树就可
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10楼2013-05-05 19:31:55
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