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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 系统发育树做出来怪怪的。。。
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alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树做出来怪怪的。。。

本人是学环境的，原来没有接触过这方面知识~用mega5做出来的发育树是图中的样子，33是我的样品，这个图是不是不能用？是不是我的序列有问题啊？
求教！

33.jpg
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1楼 2013-04-30 13:31:17
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一一8778

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
alittlebirdy: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-05 23:59:22
alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-06 02:21:24
你扩增的是16S的话，建议在设计一对引物，是可以获得1.5Kb的基因序列的。200比较是不是有点短了？系统进化树在做的时候物种的选择需要挑选已经发表的模式菌株，系统进化树分支上面的数字一般都是大于50才可靠，具体多看看菌株描述的外文文献，有一个国际期刊是专门刊登新物种的，看几篇哪里的文献，你就知道你的系统发育树存在的问题了
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6楼2013-05-05 13:09:37
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一一8778

铜虫 (小有名气)
★
alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-06 02:21:36
引用回帖:
9楼: Originally posted by alittlebirdy at 2013-05-05 18:07:42
您看我2楼的那个图是大于50的，用maximum parsimony算法做的，跟neighbor-joining算的差好多...

一般我们用的不是这个模型maximum parsimony，我们用neighbor-joining模型，你去除几个菌株，就会改变很大，另外选择的菌株也有讲究的，目前细菌的分类不是多的可以用无数来形容，真正鉴定过的菌株就那么几个属里面的，几个种类，况且16S的简单可以到属一水平，所以你在做系统进化树的时候把这个属的菌株多选择一些，然后在选几个同科的其他属的同源性高的菌株建树就可
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10楼2013-05-05 19:31:55
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