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alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树做出来怪怪的。。。

本人是学环境的,原来没有接触过这方面知识~用mega5做出来的发育树是图中的样子,33是我的样品,这个图是不是不能用?是不是我的序列有问题啊?
求教!

33.jpg
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一一8778

铜虫 (小有名气)


alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-06 02:21:36
引用回帖:
9楼: Originally posted by alittlebirdy at 2013-05-05 18:07:42
您看我2楼的那个图是大于50的,用maximum parsimony算法做的,跟neighbor-joining算的差好多...

一般我们用的不是这个模型maximum parsimony,我们用neighbor-joining模型,你去除几个菌株,就会改变很大,另外选择的菌株也有讲究的,目前细菌的分类不是多的可以用无数来形容,真正鉴定过的菌株就那么几个属里面的,几个种类,况且16S的简单可以到属一水平,所以你在做系统进化树的时候把这个属的菌株多选择一些,然后在选几个同科的其他属的同源性高的菌株建树就可
10楼2013-05-05 19:31:55
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查看全部 11 个回答

馨沁

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-02 01:15:26
模式菌株选择的问题建树流程为 将你的序列输入NCBI,找出与其相似性为99%或100%,的菌种 然后将属名
输入http://www.straininfo.net/的搜索栏中,找到该属的模式菌株,每个种找出一个有代表性的细菌
2楼2013-04-30 18:23:49
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alittlebirdy

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 馨沁 at 2013-04-30 18:23:49
模式菌株选择的问题建树流程为 将你的序列输入NCBI,找出与其相似性为99%或100%,的菌种 然后将属名
输入http://www.straininfo.net/的搜索栏中,找到该属的模式菌株,每个种找出一个有代表性的细菌

没有明白。。。我的序列可用部分只有150个碱基左右,在那个NCBI比完之后,将下面给出的结果都选上了,用MEGA5做出来的图就是上面那种情况,算法用的是neighbor-joining,但是用maximum parsimony法做的看起来就好一些,如图。但是我不懂能不能用maximum parsimony法来做。
目前还有一个月就答辩了,才开始做这个。。。

34.jpg

3楼2013-05-01 21:09:13
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馨沁

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


alittlebirdy(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-06 02:21:07
应该可以 系统发育树就是说明你菌株的进化关系,序列比对基本上就鉴定到属了,不过一般16SrRNA是一千五百bp左右啊
4楼2013-05-04 20:12:39
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