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xixi61887

金虫 (小有名气)

[求助] 请教基因载体跑琼脂糖凝胶电泳的结果无条带问题

各位虫友,我做的是聚合物/DNA的纳米粒子凝胶电泳。聚合物/DNA溶液含1微克DNA,总体积为80微升。上样时取10微升溶液,与2微升loading buffer混合。电压100V,跑30min。EB 0.5微克/ml 染色1h,脱色0.5h。问题出现了,由于凝胶成像仪坏了,我用实验室254nm的普通紫外分析仪照了一下,什么东西都没有!
(我做的东西不需要将条带分开,每个孔对应一个带即可,我是通过带的位置判断带正电聚合物能不能跟负电DNA完全结合,如果不能完全结合,会往阳极移动,否则会留在上样孔内。)
我从小木虫以前的帖子中查找了一下,可能的原因:1、DNA上样量少。我计算了一下,每孔中加入的液体总DNA含量约100ng,有帖子说1-10ngDNA都能分析出来,不知道我加的量是不是太少?2、波长问题。我查到的可以用254nm紫外光,是实验室普通仪器太简陋还是别的原因?3、由于本人新手,可能上样时移液器枪头扎破了样品槽底部,但15个槽不可能都破,跑的时候我侧面观察有1-2个样品槽可能漏了,但大部分槽是好的。4、不存在DNA跑出胶的情况,但脱色时由于仪器故障脱色了4个h,拿出来以后胶上面没有上样buffer的蓝色痕迹(刚跑完会有两种蓝色的痕迹),这是说明我染色时间过长所以EB染色不好吗?这会导致最终看不出条带吗?5、凝胶成像仪器坏了有没有较好的替代方案?254nm紫外灯是不是根本不可行?

我是生物实验新手,遇到这种问题很着急,如果有了解原因或者做过相关实验的虫友,请不吝赐教!谢谢
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

你跑marker了吗?EB后染一般30分钟足够,不用脱色直接观测。脱色可以降低背景。直接观测没有成像仪灵敏,一般需要上样量较大才看得清楚,很可能是你的上样量少了。不知道你的DNA条带应该多大,EB染色的亮度也和分子大小相关。我觉得应该可以用紫外灯照。
2楼2013-04-16 07:03:02
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xixi61887

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-16 07:03:02
你跑marker了吗?EB后染一般30分钟足够,不用脱色直接观测。脱色可以降低背景。直接观测没有成像仪灵敏,一般需要上样量较大才看得清楚,很可能是你的上样量少了。不知道你的DNA条带应该多大,EB染色的亮度也和分子 ...

谢谢您的回答!我不需要跑marker,对照组是裸DNA,样品组是聚合物DNA纳米粒子。染色及脱色步骤是师兄毕业论文中的。我把放了3天的胶找其他凝胶仪器照了一下,有条带出现,是365nm,所以可能254nm紫外不可用。不知道您用琼脂糖时每孔加入多少质量的DNA?谢谢!
3楼2013-04-16 11:18:04
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xixi61887 at 2013-04-16 11:18:04
谢谢您的回答!我不需要跑marker,对照组是裸DNA,样品组是聚合物DNA纳米粒子。染色及脱色步骤是师兄毕业论文中的。我把放了3天的胶找其他凝胶仪器照了一下,有条带出现,是365nm,所以可能254nm紫外不可用。不知道 ...

上样量要看目标分子量大小。一般几kb的上100ng左右,几十kb的上1μg左右。
4楼2013-04-16 13:07:58
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xixi61887

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-16 13:07:58
上样量要看目标分子量大小。一般几kb的上100ng左右,几十kb的上1μg左右。...

您好!我用的是大约5千个碱基对的DNA,每孔上100ng,又做了一次,脱色完立马照相,条带都有,但不是很亮,而且有的上样孔处的DNA亮度特别低,基本都看不清,请问您了解这种现象的原因吗?是脱色及染色时,DNA溶在水中流失了吗?谢谢!
5楼2013-04-17 21:27:31
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

内容已删除
6楼2013-04-18 00:30:12
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xixi61887

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-18 00:30:12
问一下为什么上样孔处会亮呢?一般点样孔应该不亮,只有目标条带发亮才对。脱色一般不会造成DNA流失。对于DNA这样的大分子扩散是很慢的,不会轻易从胶中溶出来。后染法不影响DNA的迁移率,如果你不是很在乎这个,可 ...

您好!DNA与正电聚合物结合后,如果聚合物比例高,会留在孔内,所以孔内也会发光。我希望它留在孔内并发亮,但是实际做的时候用的8齿的梳子,不知道是不是孔太大了,照的时候看不出来?谢谢!
7楼2013-04-18 17:14:52
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by xixi61887 at 2013-04-18 17:14:52
您好!DNA与正电聚合物结合后,如果聚合物比例高,会留在孔内,所以孔内也会发光。我希望它留在孔内并发亮,但是实际做的时候用的8齿的梳子,不知道是不是孔太大了,照的时候看不出来?谢谢!...

明白了。所以你用后染,不希望EB的电性影响迁移吧。不过,我觉得你可以尝试直接在胶里加EB。
8楼2013-04-19 00:50:44
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xixi61887

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-19 00:50:44
明白了。所以你用后染,不希望EB的电性影响迁移吧。不过,我觉得你可以尝试直接在胶里加EB。...

谢谢!我再尝试一下。
9楼2013-04-19 14:18:40
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bambooliang

新虫 (初入文坛)

请问楼主,我也是一名电泳新手,做的也是聚合物/DNA的纳米粒子凝胶电泳,遇到与楼主相似的问题,我的是裸DNA有带,最高比例在上样孔有强烈荧光,但是低中比例什么都没有,楼主你的问题我想已经解决了吧,能指教一下吗?
10楼2015-06-16 10:18:46
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