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26s rDNA系统发育树的构建
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| 我这方面是个菜鸟，完全不懂，身边的人做的是细菌的16s rDNA的发育树，我做的是真菌的26s rDNA D1/D2区的鉴定，这两种之间有什么不同的地方，可以照着16s的做么，有什么参数是要改的么？我在第一步搜索序列上就卡住了，先是在BLAST的Basic BLAST中选择nucleotide blast后，在选择Database时不知道该选择哪一个了，16S有专门的16s，那我该选择哪一个呢？？我和16S有什么地方 不同，哪里需要改动呢，劳大家帮忙了！ |
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2楼2013-04-10 20:41:40
【答案】应助回帖
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wizardfan: 金币+3, 谢谢分享经验 2013-04-12 07:17:26
yanbi1: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你的帮助 other的下面也有很多数据库的选项 选择哪个呢？？ 2013-04-12 19:54:56
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Database里面选择other。 细菌和真菌在比对的时候是一样的。所有选项都一样，只是序列一个是细菌的一个是真菌的。最后比对出来都是你的序列对位相似的序列。 细菌16S和真菌26S都是细菌和真菌特有的基因序列。研究细菌的话针对16S来研究。真菌26S，当然也可以是18S或ITS。 |
3楼2013-04-11 09:15:34
wizardfan
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yanbi14楼2013-04-12 07:20:37
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