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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 26s rDNA系统发育树的构建
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yanbi1

铜虫 (初入文坛)

[求助] 26s rDNA系统发育树的构建

我这方面是个菜鸟，完全不懂，身边的人做的是细菌的16s rDNA的发育树，我做的是真菌的26s rDNA D1/D2区的鉴定，这两种之间有什么不同的地方，可以照着16s的做么，有什么参数是要改的么？我在第一步搜索序列上就卡住了，先是在BLAST的Basic BLAST中选择nucleotide blast后，在选择Database时不知道该选择哪一个了，16S有专门的16s，那我该选择哪一个呢？？我和16S有什么地方 不同，哪里需要改动呢，劳大家帮忙了！
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1楼 2013-04-09 21:18:18
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yanbi1

铜虫 (初入文坛)
自己顶一下吧，跪求大家帮帮忙吧！
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2楼2013-04-10 20:41:40
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genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+3, 谢谢分享经验 2013-04-12 07:17:26
yanbi1: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常感谢你的帮助 other的下面也有很多数据库的选项 选择哪个呢？？ 2013-04-12 19:54:56
Database里面选择other。
细菌和真菌在比对的时候是一样的。所有选项都一样，只是序列一个是细菌的一个是真菌的。最后比对出来都是你的序列对位相似的序列。
细菌16S和真菌26S都是细菌和真菌特有的基因序列。研究细菌的话针对16S来研究。真菌26S，当然也可以是18S或ITS。
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3楼2013-04-11 09:15:34
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yanbi1: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2013-04-13 19:59:58
我会选择nucleotide collection (nr/nt)这个应该是最全的。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yanbi1
4楼2013-04-12 07:20:37
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yanbi1

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-12 07:20:37
我会选择nucleotide collection (nr/nt)这个应该是最全的。

非常感谢你的帮助！想着也送给你20分的，结果我的等级不够呢，非常感谢！！
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5楼2013-04-12 19:56:15
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by yanbi1 at 2013-04-12 19:56:15
非常感谢你的帮助！想着也送给你20分的，结果我的等级不够呢，非常感谢！！...

这个不是因为等级，因为你本贴只悬赏了20个金币，那你只能奖励别人一共20个，除非你增加悬赏额度。不过无所谓了，能觉得有帮助就行
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6楼2013-04-13 08:11:40
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yanbi1

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by genolab at 2013-04-11 09:15:34
Database里面选择other。
细菌和真菌在比对的时候是一样的。所有选项都一样，只是序列一个是细菌的一个是真菌的。最后比对出来都是你的序列对位相似的序列。
细菌16S和真菌26S都是细菌和真菌特有的基因序列。研究 ...

非常感谢你的帮助！可是others下面也有很多选项，要选哪个呢？
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7楼2013-04-13 19:59:15
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beabeer

新虫 (初入文坛)
赚积分
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8楼2014-06-22 10:34:32
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