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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 测序结果奇怪，求助
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damo8912

铜虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果奇怪，求助

从一个已知基因组的植物中克隆一个基因410bp左右，设计的兼并引物，分别用CDNA和DNA扩的  蓝白斑筛选后 各挑了三个送测序 。  测序结果中也找到了引物 ，也都是410bp左右，但是互相之间差异很大。这是为什么。
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1楼 2013-02-02 22:10:43
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
差异很大是指什么？是DNA模板与cDNA模板P出来的序列不同，还是指相同模板的三个不同克隆差异大？
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2楼2013-02-03 09:33:34
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amilie030312

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果两个序列大部分一样，可以考虑用的PCR酶的保真度，如果出了引物以外其他序列都不一样那就是引物特异性的问题了，一般cDNA的为准（当然前提是设计的引物没问题）。
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3楼2013-02-04 10:59:22
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damo8912

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-02-03 09:33:34
差异很大是指什么？是DNA模板与cDNA模板P出来的序列不同，还是指相同模板的三个不同克隆差异大？

用CDNA扩的3个 有2个相同 还有一个不同
用DNA扩的之间不同  和CDNA的也不同
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4楼2013-02-05 13:09:21
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damo8912

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by amilie030312 at 2013-02-04 10:59:22
如果两个序列大部分一样，可以考虑用的PCR酶的保真度，如果出了引物以外其他序列都不一样那就是引物特异性的问题了，一般cDNA的为准（当然前提是设计的引物没问题）。

恩 谢谢   序列大部分一样  但是有些差异  酶用的EX Taq
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5楼2013-02-05 13:10:49
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
damo8912: 金币+2, ★有帮助 2013-02-05 14:24:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by damo8912 at 2013-02-05 13:09:21
用CDNA扩的3个 有2个相同 还有一个不同
用DNA扩的之间不同  和CDNA的也不同...

如果只是少许碱基不同的话，说明是酶的保真性问题。PCR过程中出错。这个属于正常现象。如果想减少这种情况，尽量用高保真酶P，循环数目不要过大。如果是序列差别很多，一般是引物特异性不好。如果基因组和cDNA模板P出的不同，克隆基因的话一般是cDNA模板P的准确性高。
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6楼2013-02-05 14:00:56
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damo8912

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-02-05 14:00:56
如果只是少许碱基不同的话，说明是酶的保真性问题。PCR过程中出错。这个属于正常现象。如果想减少这种情况，尽量用高保真酶P，循环数目不要过大。如果是序列差别很多，一般是引物特异性不好。如果基因组和cDNA模板 ...

谢谢
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7楼2013-02-05 14:22:41
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