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damo8912

铜虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果奇怪,求助

从一个已知基因组的植物中克隆一个基因410bp左右,设计的兼并引物,分别用CDNA和DNA扩的  蓝白斑筛选后 各挑了三个送测序 。  测序结果中也找到了引物 ,也都是410bp左右,但是互相之间差异很大。这是为什么。
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amilie030312

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果两个序列大部分一样,可以考虑用的PCR酶的保真度,如果出了引物以外其他序列都不一样那就是引物特异性的问题了,一般cDNA的为准(当然前提是设计的引物没问题)。
3楼2013-02-04 10:59:22
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
差异很大是指什么?是DNA模板与cDNA模板P出来的序列不同,还是指相同模板的三个不同克隆差异大?
2楼2013-02-03 09:33:34
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damo8912

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-02-03 09:33:34
差异很大是指什么?是DNA模板与cDNA模板P出来的序列不同,还是指相同模板的三个不同克隆差异大?

用CDNA扩的3个 有2个相同 还有一个不同
用DNA扩的之间不同  和CDNA的也不同
4楼2013-02-05 13:09:21
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damo8912

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by amilie030312 at 2013-02-04 10:59:22
如果两个序列大部分一样,可以考虑用的PCR酶的保真度,如果出了引物以外其他序列都不一样那就是引物特异性的问题了,一般cDNA的为准(当然前提是设计的引物没问题)。

恩 谢谢   序列大部分一样  但是有些差异  酶用的EX Taq
5楼2013-02-05 13:10:49
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