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微微卫10

新虫 (初入文坛)

[交流] 梯度PCR的问题 已有7人参与

我的实验是扩细菌的一段基因,大概1700bp,我做了2次梯度PCR,虽然引物二聚体很严重,但都能扩出目的条带。当我从梯度PCR中选出最佳温度单独扩增,却只有引物二聚体没有目的条带,我的体系是25ul,引物0.3ul,引物浓度为10ul,酶0.4ul。快过年了,实验还是一塌糊涂,心中十分郁闷,求各位大虾都帮帮忙,出出招,感谢各位了
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心诚则灵
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dmzha

铁杆木虫 (小有名气)


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那你直接用梯度PCR扩增,放在最佳的位置试试?

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2楼2013-01-20 21:31:12
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
"引物0.3ul,引物浓度为10ul"
这是咋整的?引物浓度是10μM?
PCR时的引物终浓度一般是0.1-1.0μM。你根据自己的stock算一下。
你PCR后需要用这个片段做克隆还是有什么其他目的。如果只是克隆的话,能P出来就直接往下做就可以了。如果是要优化条件去做定量什么的,引物不好是不行的。
3楼2013-01-21 05:31:44
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672234993

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我觉得你的模板还有PCR抑制剂,稀释模板的浓度试试看吧。
我会回火星去的,别催我。。。。。。
4楼2013-01-21 07:52:40
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dongrh1981

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
长片段PCR不好做很正常,慢慢来,祝你成功
呼吸的痛
5楼2013-01-21 11:10:05
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bubble1220

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼楼用的什么扩增酶?换个好点的,1700不困难
6楼2013-01-21 12:43:22
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XOooZzz

银虫 (小有名气)


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送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by dmzha at 2013-01-20 21:31:12
那你直接用梯度PCR扩增,放在最佳的位置试试?

赞同!而且最好保持做梯度时的反应体积。
7楼2013-01-21 15:20:47
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resurgam

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1、dNTP不要加太多,某人由于加多了怎么都P不出来或条带弱
2、GC含量?
3、加点DMSO试试(2% v/v)
8楼2013-01-22 00:19:16
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