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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 测序比对结果
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luocongqiang

铁虫 (小有名气)

[求助] 测序比对结果

我提取了两株束丝藻基因，用27F和1492R这对引物PCR后测序、NCBI比对的结果是鱼腥藻，不知道为什么结果不是束丝藻，谢谢大家
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1楼 2013-01-13 22:13:06
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你做的这两株藻种在NCBI的数据库里面有序列吗？此外，会不会是样品提取时候有污染？
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2楼2013-01-14 03:09:52
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
27F和1492R不是16S rDNA的通用引物？原核的？

你这两株两株束丝藻是真核的吧？
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环境卫生、微生物学、卫生应急
3楼2013-01-15 00:58:21
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的这两株可能不是真核的。。。
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蓝精灵
4楼2013-01-15 08:33:09
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luocongqiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-14 03:09:52
你做的这两株藻种在NCBI的数据库里面有序列吗？此外，会不会是样品提取时候有污染？

如果数据库中没有是否比对结果也应该是同一属的呢，为什么是另一属呢，污染不知道有没有，但在显微镜下形态学上看应该是束丝藻，谢谢你问题
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5楼2013-01-15 15:08:10
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luocongqiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mizhoulong at 2013-01-15 00:58:21
27F和1492R不是16S rDNA的通用引物？原核的？

你这两株两株束丝藻是真核的吧？

这两株藻属于蓝藻门的，所以也是原核的
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6楼2013-01-15 15:09:07
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by luocongqiang at 2013-01-15 15:08:10
如果数据库中没有是否比对结果也应该是同一属的呢，为什么是另一属呢，污染不知道有没有，但在显微镜下形态学上看应该是束丝藻，谢谢你问题...

不知道你blast的是什么基因。有些基因的同源性可能与分类上的属不一致。
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7楼2013-01-15 15:56:34
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

【答案】应助回帖

你的16s是单向还是双向测序拼接的？

有些单向的只有七八百个bp，可能会不准。

还有真得考虑真核的问题。
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环境卫生、微生物学、卫生应急
8楼2013-01-16 00:30:15
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luocongqiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by mizhoulong at 2013-01-16 00:30:15
你的16s是单向还是双向测序拼接的？

有些单向的只有七八百个bp，可能会不准。

还有真得考虑真核的问题。

哦 我的是双向拼接的
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9楼2013-01-16 15:04:07
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