应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 新手求助PCR产物Blast问题，先谢谢大家了
121/2返回列表12下一页
查看: 1743  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

18988582

银虫 (正式写手)

[求助] 新手求助PCR产物Blast问题，先谢谢大家了

目的基因是HSP90
我在NCBI设计了一对引物，产物长度大概为300bp，但是跑出来的结果，电泳显示为500bp，拿去测序发现结果为500bp，在ncbi上进行比对，结果显示为下图，中间有一个GAP，求问为什么呢？

还有一个问题是正向测序和反向测序结果有什么区别，我两个方向都测了，结果不太一样啊！

反向测序结果.jpg



正向测序.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
坚持我的！
1楼 2013-01-12 16:01:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夏尔list

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引物不好吧，扩出非特异性条带了。
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-12 16:22:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18988582

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 夏尔list at 2013-01-12 16:22:13
引物不好吧，扩出非特异性条带了。

谢谢回复，产物测序后有部分序列比对是正确的啊。我做的这个生物的HSP90在ncbi上没有数据。

你看主要还是引物问题吗？
赞一下 回复此楼
坚持我的！
3楼2013-01-12 16:24:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夏尔list

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

300bp的话，不知道是连载体测，还是直接PCR产物测的。一般测序引物那段几十bp测不出来的。
赞一下 回复此楼
4楼2013-01-12 16:27:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18988582

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 夏尔list at 2013-01-12 16:27:09
300bp的话，不知道是连载体测，还是直接PCR产物测的。一般测序引物那段几十bp测不出来的。

我是PCR产物直接测序的，还有那个GAP是怎么回事呢？
赞一下 回复此楼
坚持我的！
5楼2013-01-12 16:31:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18988582

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 夏尔list at 2013-01-12 16:27:09
300bp的话，不知道是连载体测，还是直接PCR产物测的。一般测序引物那段几十bp测不出来的。

补充一下，我的条带很亮，而且是单一的。
赞一下 回复此楼
坚持我的！
6楼2013-01-12 16:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-01-12 22:10:29
正反向测序的2个结果是反向互补的，但不能确定到底哪一个是反向互补哪一个是标准的。你这个结果，两个引物之间是300bp,出现了500bp条带，应该是非特异性扩增了。你要blast后面的文字结果比较下，是不是其他物种，基因名称和你一样的？
赞一下 回复此楼
7楼2013-01-12 17:02:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18988582

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiazhiwuxie at 2013-01-12 17:02:50
正反向测序的2个结果是反向互补的，但不能确定到底哪一个是反向互补哪一个是标准的。你这个结果，两个引物之间是300bp,出现了500bp条带，应该是非特异性扩增了。你要blast后面的文字结果比较下，是不是其他物种，基 ...

你好，感谢回复。Blast后面的文字结果，基因和我是一样的，是其他物种的，和我的物种亲缘关系比较接近
赞一下 回复此楼
坚持我的！
8楼2013-01-12 19:14:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangpeng227

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
18988582: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-02-01 10:31:06
1. 不同物种可能是不同的
2. 是不是你的这个基因有不同的RNA剪接方式？
3. 是不是你扩增到的片段是保留内含子的那种？也可能是DNA的污染？
赞一下 回复此楼
9楼2013-01-12 22:41:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18988582

银虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangpeng227 at 2013-01-12 22:41:06
1. 不同物种可能是不同的
2. 是不是你的这个基因有不同的RNA剪接方式？
3. 是不是你扩增到的片段是保留内含子的那种？也可能是DNA的污染？

你好，我设计的引物是300，跑出来有500

针对你这几个原因，有没有验证方法或者解决方法！

谢谢！
赞一下 回复此楼
坚持我的！
10楼2013-01-13 15:01:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 18988582 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[考研] 271求调剂 +37 2261744733 2026-04-11 39/1950 2026-04-17 10:11 by 黑科技矿业
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 5/250 2026-04-17 10:02 by bobvan
[考研] 307中医考研调剂 +6 于以采蘩 2026-04-14 6/300 2026-04-16 16:20 by qingfeng258
[考研] 322求调剂 +8 123安康 2026-04-12 15/750 2026-04-16 11:07 by Espannnnnol
[考研] 药学求调剂 +14 喽哈加油 2026-04-14 16/800 2026-04-16 10:15 by beilsong20
[考研] 290调剂生物0860 +38 哇哈哈，。 2026-04-11 44/2200 2026-04-16 09:52 by cuisz
[考研] 279学硕食品专业求调剂院校 20+7 孤独的狼爱吃羊 2026-04-12 29/1450 2026-04-16 09:00 by screening
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 310求调剂 +16 666真好 2026-04-11 18/900 2026-04-15 13:28 by 黑科技矿业
[考研] 复试调剂 +21 积极向上； 2026-04-10 23/1150 2026-04-15 12:50 by 西北望—风沙
[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +32 yzyzx 2026-04-12 36/1800 2026-04-14 17:45 by lhj2009
[考研] 考研求调剂 +6 ban班小七 2026-04-11 6/300 2026-04-14 14:06 by 哆啦A梦只是个梦
[考研] 食品与营养（0955）271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 293求调剂 +16 我爱高数高数爱� 2026-04-12 18/900 2026-04-13 21:47 by 学员JpLReM
[考研] B区0809 ，数一英一，290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +9 zysheng 2026-04-12 9/450 2026-04-12 22:31 by yuyin1233
[考研] 求调剂，一志愿材料科学与工程985，365分， +8 材化李可 2026-04-11 10/500 2026-04-12 08:42 by 852137818
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭