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18988582

银虫 (正式写手)

[求助] 新手求助PCR产物Blast问题,先谢谢大家了

目的基因是HSP90
我在NCBI设计了一对引物,产物长度大概为300bp,但是跑出来的结果,电泳显示为500bp,拿去测序发现结果为500bp,在ncbi上进行比对,结果显示为下图,中间有一个GAP,求问为什么呢?

还有一个问题是正向测序和反向测序结果有什么区别,我两个方向都测了,结果不太一样啊!

反向测序结果.jpg



正向测序.jpg
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-01-12 22:10:29
正反向测序的2个结果是反向互补的,但不能确定到底哪一个是反向互补哪一个是标准的。你这个结果,两个引物之间是300bp,出现了500bp条带,应该是非特异性扩增了。你要blast后面的文字结果比较下,是不是其他物种,基因名称和你一样的?
7楼2013-01-12 17:02:50
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夏尔list

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引物不好吧,扩出非特异性条带了。
2楼2013-01-12 16:22:13
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18988582

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 夏尔list at 2013-01-12 16:22:13
引物不好吧,扩出非特异性条带了。

谢谢回复,产物测序后有部分序列比对是正确的啊。我做的这个生物的HSP90在ncbi上没有数据。

你看主要还是引物问题吗?
坚持我的!
3楼2013-01-12 16:24:28
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夏尔list

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

300bp的话,不知道是连载体测,还是直接PCR产物测的。一般测序引物那段几十bp测不出来的。
4楼2013-01-12 16:27:09
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