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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

[求助] 多序列比对，找出序列来源的问题

求助阿，这个我实在是搞不定，从2012年尾弄到现在了。。。


目标：根据share 子序列的长度和数量， 找出K1234 两条序列的来源。

Input 同下 （结果希望是：通过比对可知，即有下划线的部分，K1234的第一条序列来自P1234， K1234的序列二来自M1234）：
K1234 T T NA C G G C A T NA C T G G C T NA G G A T C C A A A G C
K1234 C A A NA G C  C G T A NA G A C C  G A NA C C T A G G T  T C G
P1234 T A A A G C C G A NA C T C C G A C C T A T G C A A A G C
P1234 A T T T C G G C T NA C A G C C T G NA A T A C G T T C G G
M1234 A A NA G C  G A T NA C G A C C  T A C C C T A G G T  A A G C
M1234 A T NA G G C T A G G C T C G A T G G G A T C G A T C G G


但是也不是说只要K序列与P序列有相同的字母就可以的，share的条件：
1,share两个字母以上
2,相同的子序列的起始位置不一定相同，比如 K1234与P1234

最后， 已知K1234的第一条序列，一定会跟P1234或者M1234中的一条有最多和最长的share。（也就是说，K1234与P1234相同的子序列比K1234与M1234的子序列多；或者K1234与P1234相同的子序列比K1234与M1234的子序列长）。 那么如果对于K的第一条序列来说，相同子序列最多最长者为P，则标记第一条序列为KP1234，反之，则是KM1234。

因为我不希望引入gap,插入，缺失之类的，所以没有直接用各种sequence alignments


最后先感谢大家了，有关版主提的意见，我虚心接受。

[ Last edited by 淡蓝幽香 on 2013-1-4 at 18:02 ]
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1楼 2013-01-03 22:22:47
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