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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 急！NCBI的使用和进化树构建求助
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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)

[求助] 急！NCBI的使用和进化树构建求助

做真菌的鉴定，拿到测序（ITS序列）结果后遇到一系列问题，麻烦各位大神耐心解答，不甚感激！！
1.有的测序结果在ncbi上比对后发现和我用形态学鉴定的结果相差很远，属都不一样，选取的是ncbi上同源性99%以上的菌，而且我能很肯定形态学鉴定的结果是正确的，这是否是测序公司的问题？
2.在ncbi上比对发现我的序列和上面的序列反向互补，我要构建进化树，那下载下来的序列该怎么处理或是我的序列需要处理？
3.我有二十几种菌，有的是同属，有的不同属，构建进化树时是否需要下载下来的参考菌还是用我的二十几种？
4.序列上传到genebank是直接将测序彩图校对过的序列上传还是在ncbi上比对之后用clustal比对，修正过的序列上传？
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1楼 2012-12-06 21:23:31
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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)
再弱弱的问一句，RNA不是U替换了DNA中的T么？为什么genbank里的序列都是DNA序列描述的却是RNA序列？
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4楼2012-12-08 15:18:34
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoluoerer: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2012-12-08 11:26:03
NCBI的序列，任何人都可以提交，所以不保证100%正确
做进化分析的时候，不能选取太保守区域，这样区分不开进化关系
用自己的序列为好，如果你很肯定的话，可以考虑下载点不同科的序列作为outgroup
用原始序列为好
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2楼2012-12-07 07:50:52
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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-12-07 07:50:52
NCBI的序列，任何人都可以提交，所以不保证100%正确
做进化分析的时候，不能选取太保守区域，这样区分不开进化关系
用自己的序列为好，如果你很肯定的话，可以考虑下载点不同科的序列作为outgroup
用原始序列为好

另外我想问下，我测得的ITS序列应该是rDNA才对啊，为什么别人上传的都是rRNA ?而我的序列与genbank里面的比对的时候为什么有的是正向对齐，有的是反向互补呢？
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3楼2012-12-08 15:08:14
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琼苑

铜虫 (初入文坛)
楼主您好，我也遇到了类似问题，我也要构建进化树，构建进化树的时候下载下来的序列该怎么处理或是我的序列需要处理呢？请求楼主能给与回复，多谢了！
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5楼2019-03-30 20:16:41
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