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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)

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专业: 食品科学基础

[求助] 急！NCBI的使用和进化树构建求助

做真菌的鉴定，拿到测序（ITS序列）结果后遇到一系列问题，麻烦各位大神耐心解答，不甚感激！！
1.有的测序结果在ncbi上比对后发现和我用形态学鉴定的结果相差很远，属都不一样，选取的是ncbi上同源性99%以上的菌，而且我能很肯定形态学鉴定的结果是正确的，这是否是测序公司的问题？
2.在ncbi上比对发现我的序列和上面的序列反向互补，我要构建进化树，那下载下来的序列该怎么处理或是我的序列需要处理？
3.我有二十几种菌，有的是同属，有的不同属，构建进化树时是否需要下载下来的参考菌还是用我的二十几种？
4.序列上传到genebank是直接将测序彩图校对过的序列上传还是在ncbi上比对之后用clustal比对，修正过的序列上传？

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1楼 2012-12-06 21:23:31

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xiaoluoerer

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引用回帖:

2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-12-07 07:50:52
NCBI的序列，任何人都可以提交，所以不保证100%正确
做进化分析的时候，不能选取太保守区域，这样区分不开进化关系
用自己的序列为好，如果你很肯定的话，可以考虑下载点不同科的序列作为outgroup
用原始序列为好

另外我想问下，我测得的ITS序列应该是rDNA才对啊，为什么别人上传的都是rRNA ?而我的序列与genbank里面的比对的时候为什么有的是正向对齐，有的是反向互补呢？