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急！NCBI的使用和进化树构建求助
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做真菌的鉴定，拿到测序（ITS序列）结果后遇到一系列问题，麻烦各位大神耐心解答，不甚感激！！ 1.有的测序结果在ncbi上比对后发现和我用形态学鉴定的结果相差很远，属都不一样，选取的是ncbi上同源性99%以上的菌，而且我能很肯定形态学鉴定的结果是正确的，这是否是测序公司的问题？ 2.在ncbi上比对发现我的序列和上面的序列反向互补，我要构建进化树，那下载下来的序列该怎么处理或是我的序列需要处理？ 3.我有二十几种菌，有的是同属，有的不同属，构建进化树时是否需要下载下来的参考菌还是用我的二十几种？ 4.序列上传到genebank是直接将测序彩图校对过的序列上传还是在ncbi上比对之后用clustal比对，修正过的序列上传？ |
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