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chenzhu198

铁杆木虫 (著名写手)


[交流] 大家来说说做southern blot时,基因组DNA的提取方法

做southern blot,对基因组DNA质量要求很高...希望大家一起交流下...我现在用CTAB法提取出来的DNA的质量还行,就是到酶切的时候基本都要切上24小时以上...希望大家多提意见!谢谢!
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shucanwei

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chenzhu198: 金币+5 2012-11-05 07:52:40
小丹木木: 金币+5, 鼓励交流 2012-11-06 17:28:25
DNA抽提缓冲液(lysis buffer):50mM Tris-Hcl(Ph7.2)
                             50mM EDTA
                             3% SDS
                             1% β-巯基乙醇(用时加)
饱和酚:氯仿(V:V,1:1)
异丙醇
3M醋酸钠NaOAc(Ph8.0)

1.        称取0.075-0.085g干菌丝置于预冷的研钵中,加入液氮研磨至细粉末状,迅速转至1.5ml的离心管中并加入750μl DNA提取缓冲液(65℃预热),在振荡器上振荡几秒钟充分混匀,然后放到65℃水浴锅中水浴60min,每10min摇动一次。
2.        加入750μl饱和酚:氯仿(V:V,1:1)轻轻颠倒离心管数次充分混匀,室温下12000rpm离心15min,取上清液置于新的离心管中。
3.        加入1/30体积的3M醋酸钠NaOAc(PH8.0)和0.54体积的异丙醇,轻轻混匀后置于4℃冰箱中30min,室温下12000rpm离心2min,小心倒掉上清液,然后用冷的70%乙醇洗涤沉淀两次(轻轻颠倒离心管若干次),倒掉乙醇。
4.        将装有DNA沉淀的离心管置于真空干燥器中,干燥约30min(时间以DNA变干为准)。
5.        加入500μl的ddH2O溶解DNA沉淀,同时加入1-2μl RNase(终浓度为20μg/ml),37水浴60min。
6.        加入等体积的饱和酚:氯仿(V:V,1:1),充分混匀,然后室温下12000rpm离心15min,取上清液置于新的离心管中。
7.        重复步骤3。
8.        重复步骤4。
9.        加入100ml TE溶解DNA,待完全溶解后置于-20℃冰箱中备用。
13楼2012-11-04 15:46:14
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rfengyi

禁虫 (正式写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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3楼2012-10-31 16:48:13
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chenzhu198

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by rfengyi at 2012-10-31 16:48:13
偶的还要48h,而且还没酶切完全,都不知道是什么原因,吸一点跑胶检测都没基因组的带了,可是全部点上去跑完发现还有,都不知道怎么办了

那你用的是什么方法提的基因组啊??
4楼2012-11-03 13:06:19
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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以用试剂盒提一下,多次加酶
5楼2012-11-03 13:39:57
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