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Marado

金虫 (正式写手)


[交流] 表达蛋白折叠不正确会有活性麽?

如题,37℃,1mMIPTG,6h,表达细胞超声波破碎后,离心,SDS-PAGE显示,上清跟沉淀都有目的蛋白,但是沉淀明显更多,测定了上清酶活(底物为海藻酸钠),有活性,但是做纯化的时候悲剧了,死活挂不上柱子,蛋白都在流川液中.
有朋友说,试试低温诱导,减少包涵体,这里我有几个疑问
1:我上清中明显是有目的蛋白的,也有酶活,为何挂不上柱子,莫非是诱导温度过高,翻译过快,把GST折叠进去了,所以挂不上,但是这样的话,蛋白岂不是也没有活性的?可事实是有的……
2:有表达有酶活是否等于折叠正确?
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dshlove

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
Marado(金币+1): 谢谢参与
小丹木木: 金币+5, 热心的虫虫 2012-09-20 15:36:38
GST标签本身就是比较特殊的,表达时候容易形成标签的二聚体,而标签的二聚体是不挂柱的。所以,能用his就用his。
还有就是你说的,可能是温度高了,来不及正确折叠,就把标签给包裹了。
不知道你有没有酶切位点,酶切之后看看还有没有活性。

酶活和折叠正确与否关系不大,因为每个蛋白或者酶都有一个活性中心,只要这个活性中心没变性,那么酶或者蛋白还是能起作用的。
比如说,肠激酶是两个亚基组成,其实起作用的只是那个轻链。
希望能帮上。

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2楼2012-09-20 11:09:19
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Marado

金虫 (正式写手)


送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-20 11:09:19
GST标签本身就是比较特殊的,表达时候容易形成标签的二聚体,而标签的二聚体是不挂柱的。所以,能用his就用his。
还有就是你说的,可能是温度高了,来不及正确折叠,就把标签给包裹了。
不知道你有没有酶切位点, ...

十分感谢,那如何能够减少标签的二聚体形成呢?
减少温度或者降低IPTG的浓度是否有用?
还有酶切的话,直接对蛋白进行酶切嘛?对蛋白酶切不太了解
3楼2012-09-20 12:10:17
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dshlove

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励积极解答问题 2012-09-20 15:37:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by Marado at 2012-09-20 12:10:17
十分感谢,那如何能够减少标签的二聚体形成呢?
减少温度或者降低IPTG的浓度是否有用?
还有酶切的话,直接对蛋白进行酶切嘛?对蛋白酶切不太了解...

至于二聚体的形成,这好像和你用的质粒还有宿主有关系,涉及基因调控表达方面的了,怎么减少我没具体方案。不过,既然是表达过程形成的,我们可以降低宿主的表达速度,使蛋白有条不紊的折叠,我觉得就能降低二聚体的形成。
降低温度肯定是要的,IPTG浓度能用低的就不要高的。

酶切是看你在标签和蛋白之间有没有设计相应的酶切位点。比如说TEV,EK之类的特异性位点。
我之前说的酶切是让你检验一下你的标签有没有被包裹,酶切之后会不会影响活性。
4楼2012-09-20 12:41:24
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Marado

金虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-20 12:41:24
至于二聚体的形成,这好像和你用的质粒还有宿主有关系,涉及基因调控表达方面的了,怎么减少我没具体方案。不过,既然是表达过程形成的,我们可以降低宿主的表达速度,使蛋白有条不紊的折叠,我觉得就能降低二聚体 ...

行!谢谢了!我考虑做一下低温诱导,还有一个问题就是,我之前250ml菌液,破3秒,停5秒,破碎了将近半小时,都没有透明,还是有很多的白色状沉淀,请问,这个是包涵体麽?
5楼2012-09-20 12:47:29
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dshlove

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by Marado at 2012-09-20 12:47:29
行!谢谢了!我考虑做一下低温诱导,还有一个问题就是,我之前250ml菌液,破3秒,停5秒,破碎了将近半小时,都没有透明,还是有很多的白色状沉淀,请问,这个是包涵体麽?...

客气了。
你是用超声破碎的吗?一般破碎时候菌液发白,基本就是包涵体很多了。你可以尝试16℃诱导过夜。
6楼2012-09-20 13:24:33
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Marado

金虫 (正式写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-20 13:24:33
客气了。
你是用超声破碎的吗?一般破碎时候菌液发白,基本就是包涵体很多了。你可以尝试16℃诱导过夜。...

好的!我是用的超声波破碎的,另外我测序发现在载体区域少了一个碱基,但是两条引物与目的片段都是正确的,不是说开头30个甚至70个bp的碱基都不太准确麽?想求证一下.
7楼2012-09-20 14:39:45
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dshlove

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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7楼: Originally posted by Marado at 2012-09-20 14:39:45
好的!我是用的超声波破碎的,另外我测序发现在载体区域少了一个碱基,但是两条引物与目的片段都是正确的,不是说开头30个甚至70个bp的碱基都不太准确麽?想求证一下....

测序一般是开始的0-50bp左右,由于测序信号不稳定,少量错误可以忽略。还有就是少了的碱基不是在蛋白表达框内,基本不用管。
不知道你的蛋白表达出来在胶上显示的位置对不对。如果你不放心,可以取点样品做下MS检测,再对照序列算出来的理论分子量,看看是不是你的蛋白。
加油!
8楼2012-09-20 15:10:45
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Marado

金虫 (正式写手)


引用回帖:
8楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-20 15:10:45
测序一般是开始的0-50bp左右,由于测序信号不稳定,少量错误可以忽略。还有就是少了的碱基不是在蛋白表达框内,基本不用管。
不知道你的蛋白表达出来在胶上显示的位置对不对。如果你不放心,可以取点样品做下MS检 ...

蛋白表达后在胶上的位置是对的,我目的蛋白大小约为65k,加上GST一起是91k左右,跟胶上的位置相符.
9楼2012-09-20 15:25:32
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dshlove

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by Marado at 2012-09-20 15:25:32
蛋白表达后在胶上的位置是对的,我目的蛋白大小约为65k,加上GST一起是91k左右,跟胶上的位置相符....

你就继续纯化,个人觉得问题不大。
10楼2012-09-20 15:40:15
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Marado

金虫 (正式写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-20 15:40:15
你就继续纯化,个人觉得问题不大。...

借你吉言了……第一次做表达,做了4个月了,一路磕磕绊绊,心力憔悴,好容易到最后一步纯化了……又遇到槛了……
11楼2012-09-20 16:10:57
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dshlove

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by Marado at 2012-09-20 16:10:57
借你吉言了……第一次做表达,做了4个月了,一路磕磕绊绊,心力憔悴,好容易到最后一步纯化了……又遇到槛了……...

加油啊,人家CSH做一个蛋白不也用了18个月。出来就好,过程很好的,学到东西多。
12楼2012-09-20 16:20:31
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Marado

金虫 (正式写手)


引用回帖:
12楼: Originally posted by dshlove at 2012-09-20 16:20:31
加油啊,人家CSH做一个蛋白不也用了18个月。出来就好,过程很好的,学到东西多。...

多谢,以后有问题还要多向你请教.
13楼2012-09-20 16:32:24
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dshlove

木虫 (正式写手)


引用回帖:
13楼: Originally posted by Marado at 2012-09-20 16:32:24
多谢,以后有问题还要多向你请教....

不客气,互相交流。
14楼2012-09-20 16:38:32
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枫叶留殇

新虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也在做带GST标签的蛋白,请问如果标签2聚后,是不是整个标签+蛋白的分子量都要翻倍了呢。。破菌后,也发现在沉淀里出现蛋白,是不是也要降低一下表达温度和IPTG的浓度呢
15楼2012-09-22 11:48:35
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junminh

铜虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
条件摸索下,能表达且有活性,结构应该没有问题,应该是纯化的原因
16楼2012-09-22 13:50:02
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